La Copa México 1945-1946 è stata la trentesima edizione del secondo torneo calcistico messicano e la terza nell'era professionistica del calcio messicano. È cominciata il 23 giugno e si è conclusa il 14 luglio 1946. La vittoria finale è stata dell'Atlas.
Formula
Le 16 squadre partecipanti si affrontano in turni ad eliminazione diretta in gara unica.