Nato a Genova nel 1510, Cipriano Pallavicino venne così battezzato in onore dell'omonimo nonno paterno, scomparso lo stesso anno[2]. Inizialmente dedito agli studi umanistici, prese l'abito talare solo in età matura. Tra il 1543 e il 1563 partecipò al concilio di Trento in qualità di protonotario apostolico[2], e fu nunzio della Camera Apostolica a Napoli dal 15 maggio 1566 fino al novembre o dicembre dello stesso anno[1][2][3].
Appassionato di studi letterari, patrocinò la pubblicazione di varie opere, come La dottrina cristiana per i fanciulli e idioti da istruirsi nella fede di Mariano da Genova[2]. Cercò inoltre di accelerare la ristrutturazione della cattedrale di San Lorenzo, spingendo anche perché l'incarico fosse affidato all'architetto Galeazzo Alessi[2]; disegnò inoltre il progetto per la nuova facciata del Palazzo Cipriano Pallavicini, che da lui prende il nome[2]. Commissionò anche alcuni affreschi per il palazzo arcivescovile al pittore Luca Cambiaso[6].
Morì nel 1586, e venne sepolto nella cattedrale di San Lorenzo, presso l'altare dedicato ai santi Pietro e Paolo[7], in un sepolcro che si era fatto preparare fin dal 1575[4].