La prima delle linee ferroviarie che costituiscono la rete dell'attuale compagnia fu nel 1884 la Tavannes-Tramelan, a scartamento metrico che collegò tra loro i villaggi omonimi. Il collegamento venne esteso quando un'altra società aprì al traffico la Tramelan-Les Breuleux-Le Noirmont che venne interamente elettrificata nel 1913. Nel 1927 le due società si fusero nella nuova Chemins de fer Tavannes-Le Noirmont.
Il 7 dicembre 1892 venne aperta all'esercizio la linea più lunga della regione, la Saignelégier-La Chaux-de-Fonds (SC). La linea era lunga 25 km e collegava Saignelégier (Place d'Armes) a La Chaux-de-Fonds penetrando ampiamente nel tessuto urbano.
Nel 1943 ebbe inizio il processo di fusione delle varie società nell'ambito di un progetto di ristrutturazione che venne concretizzato tra il 1946 e il 1953; il progetto comprendeva anche la completa elettrificazione delle linee. Nel 1953 la linea regionale Glovelier-Saignelégier venne convertita a scartamento metrico.
Caratteristiche
La rete delle Ferrovie del Giura (CJ) comprende le seguenti linee per un totale di 84,8 km.
a scartamento metrico, per un totale di 73,2 km:
Saignelégier-La Chaux-de-Fonds (26,1 km);
Saignelégier-Glovelier (24,3 km);
Le Noirmont-Tavannes (22,8 km);
a scartamento normale:
Porrentruy-Bonfol, lunga 10,3 km (isolata dal resto della rete sociale)
Le pendenze massime raggiungono il 50 per mille sulla rete a scartamento ridotto. La linea a scartamento normale ha pendenze massime del 25 per mille[1].
La rete è interamente elettrificata a corrente continua e a tensione di 1500 volt; fa eccezione la linea a scartamento normale che è a corrente alternatamonofase a 15 kV, 16,7 Hz.
trasformata in locomotiva bimodale (elettrica e diesel) e venduta nel 2011 alla KWO-MIB (Gem 4/4 12)
BDe 4/4 I 601 a 608
BDe 4/4 I 601: ceduta alla BOB (navetta per il Mystery Park), poi passata alla LEB, attualmente all'associazione La Traction dove dovrebbe ritrovare l'aspetto d'origine.
BDe 4/4 I 603: in servizio, trasformata in ABDe 4/4 I 603 con l'aggiunta della prima classe nel 1986 (in modo da poter circolare come veicolo singolo).
BDe 4/4 I 604: ceduta alla BOB (navetta per il Mystery Park), attualmente alla MIB (BDe 4/4 11).
BDe 4/4 I 605: venduta nel 2001 alla CFTA di Gray (Francia).
BDe 4/4 I 606: venduta nel 2004 alla NStCM (BDe 4/4 231), attualmente fuori servizio.
BDe 4/4 I 607: venduta nel 2006 alla NStCM (BDe 4/4 232), attualmente fuori servizio.