Il Dr. Hynek fu anche un consulente scientifico di alto livello per il Progetto Blue Book, uno studio ufficiale avviato dalla United States Air Force tra il 1948 e il 1969. Anche se il Dr. Hynek inizialmente ha aiutato l'Air Force a screditare molti rapporti su oggetti volanti non identificati, si convinse nel tempo, che una piccola parte di essi non poteva essere considerato alla stregua di uno scherzo o un di errata identificazione come fenomeni naturali, e che questi casi avrebbero potuto rappresentare effettivamente qualcosa di straordinario - persino alieni visitatori da altri pianeti. Quando l'Air Force chiuse nel 1969 il Progetto Blue Book, il Dr. Hynek decise di creare una propria organizzazione per continuare gli studi sul fenomeno, attraverso una ricerca imparziale e condotta con metodi scientifici.
Partendo da Evanston, in Illinois, ma con base a Chicago, il CUFOS continua ad essere una piccola organizzazione di ricerca che sottopone ad analisi scientifica tutti i casi. Il suo vasto archivio comprende numerosi e attendibili rapporti, eredità dell'ormai defunto gruppo di ricerca privato del NICAP, uno dei più autorevoli, che tra il 1950 ed il 1960 ha svolto numerose indagini sul fenomeno.