Cresciuto presso la corte anti-asburgica dello zio Stefano, Baldassarre dovette sembrare alla nobiltà transilvana un governante più tradizionalista. Per parte sua, Baldassarre accettò l'elezione e spodestò formalmente suo cugino Sigismondo, forte dell'appoggio del fratello cardinaleAndrea Báthory.
Sigismondo Báthory, appoggiato da alcuni potenti nobili transilvani come lo zio István Bocskai, venne però rapidamente a capo della ribellione orchestrata contro di lui dai cugini. Baldassarre venne spodestato e catturato da truppe fedeli al suo detronizzato cugino, mentre suo fratello Andrea fuggiva in Polonia. Baldassarre morì in prigione, quasi certamente avvelenato per ordine del cugino Sigismondo.