Le composizioni di Bertali sono nello stile di altri compositori dell'Italia settentrionale del suo tempo. Comprendono opere, oratori, un gran numero di composizioni liturgiche e da camera. Le sue opere sono notevoli per aver diffuso a Vienna la tradizione dell'opera seria italiana. Circa metà della sua produzione è andata perduta; ci restano delle copie trascritte da Pavel Josef Vejvanovský, alcuni spartiti sono custoditi nella Hofbibliothek di Vienna, nella biblioteca dell'abbazia di Kremsmünster e nell'archivio di Kroměříž. La fonte più importante per le composizioni di Bertali è tuttavia il catalogo viennese Distinta Specificatione, che elenca diversi compositori della corte asburgica e fornisce titoli e spartiti di oltre 200 composizioni.
Nel 1661 gli oratori Il pentimento, l'amore verso Dio, nel 1663Maria Maddalena con il libretto di Antonio Draghi e nel 1665L'Inferno deluso con il libretto di Francesco Sbarra e La strage degli innocenti ebbero la prima assoluta a Vienna.
Musica vocale
Cantate e mottetti sacri e profani, fra i quali Donna real (1631) per le nozze dell'erede al trono con l'Infanta di Spagna.
