Era figlio di un agente di polizia di Glasgow. Emigrato negli Stati Uniti, si stabilì non lontano da Chicago. Un giorno Pinkerton, vagando nei boschi vicino Dundee, si imbatté in una banda di falsari; dopo aver osservato per qualche tempo i loro movimenti informò lo sceriffo locale che li arrestò. A seguito di questo ed altri fatti analoghi, nel 1849 Pinkerton venne nominato vice sceriffo della contea di Cook (Illinois). Successivamente a Chicago impiantò un'agenzia, che si sviluppò e si ramificò dappertutto negli Stati Uniti.