En 1932, le gouvernement soviétique ferma le temple et transforme l'église en base militaire, comportant un centre d'entrainement des plongeurs de la marine soviétique. Celui-ci comprend notamment une piscine d'entraînement, un caisson de décompression, et une réplique d'un compartiment de sous-marin[1]. Un important tube de 40 mètres est installé sous la coupole[2],[3].
Après la chute de l'URSS, l'église continue à servir de base militaire au ministère de la Défense de la fédération de Russie. En 2012, l'église est rendue par le gouvernement au patriarcat de Moscou[1]. En , alors que l'église est dans un état de délabrement avancé et comporte encore des installations militaires, le ministère de la culture russe annonce un plan de restauration pour un montant de 883 millions de roubles[4].