Dans l'organisation soviétique, le ministère de la Défense avait un rôle administratif, la planification des opérations étant assurée par le chef de l'État-Major général, avec sous ses ordres un commandant-en-chef des forces terrestres. Maintenant, le ministre assure de plus en plus le commandement effectif des forces armées. Tout comme dans la plupart des pays du monde, c'est le chef d'État russe (actuellement Vladimir Poutine), qui est le commandant suprême des forces armées. Il a la décision finale quant à une intervention ou implication militaire de son pays, et décide d'une éventuelle attaque nucléaire.
Ministres de la Défense de la fédération de Russie