Zico Waeytens naît le à Ledegem en Belgique. En 2009, il obtient plusieurs résultats sur le circuit international chez les juniors (moins de 19 ans). Il gagne notamment le Tour d'Istrie, l'une des manches de la Coupe des Nations juniors.
En 2014, lors du Tour de Wallonie, il termine à la première place du classement du meilleur sprinteur, tout en ayant été leader de ce classement durant les cinq jours de course[2]. Il arrive troisième au Grand Prix de la ville de Zottegem, remporté par son coéquipier Edward Theuns[3].
Entre 2015 et 2017, il est membre de l'équipe World Tour Giant, devenue Sunweb entre-temps. En 2015 et 2016, il participe à deux reprises au Tour d'Espagne. En 2016, il gagne la 5e étape du Tour de Belgique.
En 2019, il rejoint Cofidis, puis à 28 ans, il met un terme à sa carrière de coureur à l'issue de la saison[5]. Il pratique ensuite la boxe et effectue son premier combat en avril 2020[6].