De 1945 à 1949, Naumann vécut incognito dans le sud de l’Allemagne. Il décrocha même avec les meilleures notes un diplôme professionnel de maçon.
En 1950, il entra à Düsseldorf dans la firme d’import-export belgo-allemande Cominbel, dont le possesseur est Herbert Lucht (décédé en 1951) qui fut le chef de l'Aussenstelle Wehrmachtspropaganda à Paris durant l'occupation.
Werner Naumann fut arrêté par les Britanniques en 1953 sur l'accusation d'être le leader d'un groupe néonazi, le « groupe Naumann », qui essayait d'infiltrer des partis politiques de l'Allemagne de l'Ouest. Il fut relâché après sept mois de détention.
(de) Norbert Frei: Vergangenheitspolitik. Die Anfänge der Bundesrepublik und die NS-Vergangenheit. 2. Auflage. München 1997, (ISBN3406425577)
(de) Ulrich Herbert: Best. Biographische Studien über Radikalismus, Weltanschauung und Vernunft 1903-1989. 2. Aufl., Bonn 1996 (ISBN3801250199)
(de) Rüdiger Jungbluth(de): Die Quandts. Ihr leiser Aufstieg zur mächtigsten Wirtschaftsdynastie Deutschlands. Frankfurt a. M. et al. 2002 (ISBN3593369400)
(de) Ernst Klee: Werner Naumann, Eintrag in ders.: Das Personenlexikon zum Dritten Reich. Wer war was vor und nach 1945. Aktualisierte Ausgabe. Fischer-Taschenbuch-Verlag, Frankfurt am Main 2005, (ISBN3596160480), S. 429
(de) Stefan Krings: Das Propagandaministerium. Joseph Goebbels und seine Spezialisten, in: Lutz Hachmeister /Michael Kloft (Hg.): Das Goebbels-Experiment. Propaganda und Politik, Stuttgart 2005, S. 29-48 (ISBN3421058792)
(en) David K. Yelton: Hitler's Volkssturm. The Nazi Militia and the Fall of Germany 1945-1945, Lawrence (Kans.) 2002 (ISBN0700611924)
(de) Norbert Frei: Deutsches Programm. Wie Nordrhein-Westfalens FDP Anfang der fünfziger Jahre bewährte Nazis zur Unterwanderung der Partei einlud, in: Die Zeit Nr. 23 v. 29. Mai 2002, S. 82.