Assistant, puis chargé de cours au département d'architecture de l'EPFL, il est nommé en 1985 professeur-assistant à l'École polytechnique fédérale de Zurich où il enseigne jusqu'à son entrée en fonction à l'EPFL, en 1990, en qualité de professeur ordinaire de projet et de théorie d'architecture. Parallèlement, il crée son propre bureau d'architecture à Nyon[2], dans lequel viendra notamment exercer, durant 2 ans, l'architecte Conrad Lutz, pionnier de l'architecture écologique en Suisse romande.
Depuis 2009, un procès oppose Jean Claude Gandur et Vincent Mangeat qui avait dirigé le chantier de la villa Gandur, à Tannay, achevée en 2006[6],[7]. L'un des éléments du procès est la défaillance d'un climatiseur, qui a endommagé la collection d'œuvres anciennes[8].
En 2016, il perd un procès contre les propriétaires d'une villa de Givrins en Suisse et qui l'avait engagé pour dessiner les plans. Il avait saisi la justice pour s'opposer aux modifications qu'ils voulaient y apporter et il demandait à être "protégé en sa qualité d'auteur de l'œuvre"[9].
