Après l'indépendance de la Croatie le 25 juin 1991, il représente son nouveau pays à deux championnats européens (1993 à Helsinki et 1994 à Copenhague), trois mondiaux seniors (1992 à Oakland, 1993 à Prague et 1994 à Chiba) et aux Jeux olympiques d'hiver de 1992 à Albertville. Il est le porte-drapeau de la Croatie lors de la cérémonie d'ouverture de ces Jeux.
Il arrête les compétitions sportives après les mondiaux de 1994.
Tomislav Čižmešija a une soeur, Željka Čižmešija, patineuse artistique de haut-niveau qui concourt en simple dames lors des Jeux olympiques de 1988 et 1992.