La rivière coule du nord au sud sur une distance de 221 km, du réservoir Manicouagan (altitude : 358 m) à son embouchure dans le fleuve Saint-Laurent, à l'ouest de la ville de Baie-Comeau. Le débit moyen à l'embouchure est d'environ 1 000 m3/s. Cela en fait le troisième affluent en importance du fleuve Saint-Laurent, après la rivière des Outaouais et la rivière Saguenay. Le débit de la rivière est régulé par les nombreux ouvrages hydroélectriques qui y ont été construits, dont quatre barrages dans le cadre du projet Manic-Outardes d'Hydro-Québec.
À partir du barrage Daniel-Johnson (Manic 5) le courant descend selon les segments suivants :
Cours intermédiaire de la rivière Manicouagan (segment de 117,3 km)
16,3 km vers le sud-est en courbant vers le sud en fin de segment, jusqu'à la confluence de la rivière Quicaquestagane (venant de l'ouest) ;
20,0 km vers le sud jusqu'à un coude de rivière, puis vers le sud-est jusqu'au réservoir de Manic 3 ;
21,3 km vers le sud en traversant la partie nord du réservoir Manic 3 (élévation : 201 m) et en recueillant la rivière Lemay (venant du nord), jusqu'au bout de la presqu'île qui délimite l'embouchure de la rivière Caopachaco (venant du nord-est) ;
59,7 km vers le sud en traversant la partie sud du réservoir Manic 3, jusqu'au barrage Manic 3 l'embouchure du réservoir. Note : ce segment reçoit les eaux de la rivière Vachon (venant du nord et se déversant sur la rive ouest du réservoir) ;
Cours inférieur de la rivière Manicouagan (segment de 76,2 km)
8,5 km vers le sud-est en contournant une île ronde (diamètre : 1,6 km) et formant un crochet vers l'est où ce segment coupe le pont de la route forestière R0951, jusqu'à la limite nord-Ouest du réservoir de Manic 2 ;
34,4 km vers le sud en traversant le réservoir Manic 2, en passant dans un détroit constitué par une presqu'île rattachée à la rive est s'avançant vers le sud-ouest formant du côté sud la baie des Fourche, en recueillant la rivière Caouette (venant de l'ouest) et le ruisseau du Banc Blanc (venant du nord-est), jusqu'au barrage Manic 2 que traverse la route 389 ;
16,8 km vers le sud en contournant l'île aux Caribou et en formant une courbe vers l'ouest pour passer devant la montagne Salée (altitude : 162 m) et en recueillant la rivière Salée (venant de l'ouest) jusqu'au pont de la route 138, correspondant à l'embouchure de la rivière[4].
À partir de la route 138, le courant traverse sur 4,1 km vers le sud-est la baie menant a l'estuaire maritime du Saint-Laurent, soit jusqu'à la Pointe-Lebel (côté sud de la baie) et la Pointe Saint-Gilles (côté nord). L'Aire de concentration d'oiseaux aquatiques Rive du Vieux Poste est située sur la rive nord de cette baie.
Ouvrages hydroélectriques de la Manicouagan
La puissance totale développée par les installations hydroélectriques sur la rivière s'élève à 5 634 MW[5].
(en) Albert Peter Low, Report on explorations in the Labrador peninsula along the East Main, Koksoak, Hamilton, Manicuagan and portions of other rivers in 1892-93-94-95, Ottawa, Queen's Printer, , 387 p. (lire en ligne)
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