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Il est nommé conseiller au département du service de presse de l’administration présidentielle de la république d’Azerbaïdjan en février 1993. En , il retourne au service diplomatique et est envoyé à l’ambassade de la république d’Azerbaïdjan en Russie.
De 1994 à 1997, il est deuxième, puis premier secrétaire à l’ambassade de la république d’Azerbaïdjan en Russie. De 1997 à 1999, il est directeur du département des Relations internationales à l’Agence d’État pour la privatisation. De 2000 à 2006, il est conseiller à l’ambassade de la république d’Azerbaïdjan en Russie.
En 2009, il est nommé ambassadeur extraordinaire et plénipotentiaire de la république d’Azerbaïdjan en Grèce, puis en 2010 en Albanie, résidant à Athènes.
Le , il est nommé ambassadeur de la république d'Azerbaïdjan aux Pays-Bas[8].
Rahman Mustafayev est marié et père de deux fils.
Activités scientifiques et publications
En 1993, il obtient son doctorat en soutenant une thèse dont le sujet est Islam et nationalisme dans la théorie et la pratique du processus de la création d'un État.
Il publie en 2006 Deux Républiques. Les relations azerbaïdjanaises-russes entre 1918 et 1922, Moscou (en russe).
En 2016, il publie L'Azerbaïdjan entre les grandes puissances (1918-1920), Athènes, éditions Enalios (en grec) et, en 2019, L’Azerbaïdjan entre les grandes puissances (1918-1920), Presse du Châtelet 2019[9].
En 2022, il publie L'Azerbaïdjan entre les grandes puissances (1918-1920), en Russe.
Il explique dans une interview au Journal du Parlement la création de la première république d'Azerbaïdjan qui malgré la brièveté de son existence – 23 mois seulement – « a laissé une trace lumineuse dans l’histoire de l’Azerbaïdjan, en posant les fondements de son développement et de son indépendance, lui permettant d’entrer de plain-pied, au cœur de la société contemporaine… »[10]
En 2020 et 2021, il s'exprime au sujet du conflit au Haut Karabagh notamment dans le journal Valeurs Actuelles[11] , dans le journal Causeur[12],[13], sur le site internet du média AA[14] sur le site internet Musulmans en France[15], mais également dans d'autres médias[16],[17],[18],[19],[20],[21],[22],[23].
Le , il est entendu par la Commission des affaires étrangères de la défense et des forces armées du Sénat [24].
En 2022, il intervient dans de nombreux médias français et étrangers au sujet de l'Azerbaïdjan[25],[26],[27],[28],[29],[30].
Le , il reçoit la médaille de l'ordre national du Mérite « Service pour la Patrie » de 3ème classe, remis par ordonnance du président de la république d'Azerbaïdjan.