Le , par le traité de Paris, créant la confédération du Rhin, la principauté est médiatisée et son territoire réparti entre la grand-duché de Bade, le royaume de Wurtemberg et la principauté de Hohenzollern-Sigmaringen. Le prince-électeur de Bade, Charles Frédéric, est élevé au rang de grand-duc et reçoit la principauté à l'exception des seigneuries de Gundelfingen, Neufra, Trochtelfingen et Jungenau et la partie du bailliage de Meßkirch, située à la gauche du Danube. Le prince de Hohenzollern-Sigmaringen, Aloys Antoine, reçoit les seigneuries de Trochtelfingen, Jungnau et Strassberg, le bailliage d'Ostrach et la partie de la seigneurie de Meßkirch, située à la gauche du Danube. Le roi de Wurtemberg, Frédéric Guillaume, reçoit les seigneuries de Gundelfingen et Neufra.
Territoire
À la fin du XVIIe siècle, la principauté comprenait les territoires suivants :
Territoire
Acquisition
Commentaire
Seigneurie de Hausen (Herrschatf Hausen)
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Seigneurie de Wartenberg (Herrschatf Wartenberg)
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Seigneurie de Prechtal (Herrschatf Prechtal)
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Seigneurie de Romberg (Herrschatf Romberg)
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Seigneurie de Lenzkirch (Herrschatf Lenzkirch)
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Seigneurie de Schenkenzell (Herrschatf Schenkenzell)
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Seigneurie de Waldsberg (Herrschatf Waldsberg)
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Seigneurie de Schlatt (Herrschatf Schlatt)
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Seigneurie d'Aulfingen (Herrschatf Aulfingen)
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Seigneurie de Wildenstein (Herrschatf Wildenstein)