Il est nommé au conseil municipal de Redlands en 2006[2]. Il est à 26 ans le plus jeune conseiller municipal de l'histoire de la ville. Il est élu maire en 2010 et réélu en 2012[3].
Lors des élections de 2012, il se présente à la Chambre des représentants des États-Unis dans le 31e district de Californie, qui vient d'être redécoupé[4]. Le district, qui englobe l'Inland Empire et notamment la ville de San Bernardino, compte 44 % d'électeurs hispaniques[3] et est favorable aux démocrates[5]. Pourtant, lors de la primaire, le vote démocrate est divisé entre plusieurs candidats[5]. Aguilar n'arrive qu'en troisième position avec 22,6 % des voix, à 1 300 voix de la deuxième place. Deux républicains, Gary Miller et Bob Dutton, s'affrontent au second tour[4].
En 2014, le siège est l'une des principales cibles du Parti démocrate : le district a voté à 57 % pour Barack Obama en 2008 et 2012 et Miller n'est pas candidat à sa réélection[5],[6]. Aguilar est à nouveau candidat et reçoit le soutien du Parti démocrate de Californie[5]. Il arrive deuxième de la primaire, mais avec seulement 209 voix d'avance sur un candidat républicain[6]. Il est devient alors le favori de l'élection[7]. Il est élu avec 51,7 % des suffrages face au républicain Paul Chabot[8].
Candidat à sa réélection en 2016, il arrive en tête de la primaire du mois de juin avec 43,1 % des voix devant Chabot qui recueille 22,7 % des voix[9]. En novembre, il remporte l'élection générale avec 56,1 % des suffrages[10]. Il est réélu avec 58,7 % des voix en 2018 face au républicain Sean Flynn[11].
Appartenance à un groupe parlementaire
Président, House Democratic Caucus
Assemblée hispanique du Congrès
Groupe pro-choix
Groupe parlementaire pour l'égalité des LGBTQ+ (Congressional LGBTQ+ Equality Caucus)