Après des études au petit séminaire de Pabré et au grand séminaire Saint-Pierre-Claver de Koumi, Paul Zoungrana fait partie des trois premiers prêtres catholiques ordonnés au Burkina Faso, le .
En 1975, il se rend avec une délégation au Vatican. Il présente au pape Paul VIAlfred Ki-Zerbo, un catéchiste centenaire réputé être le "premier chrétien de Haute-Volta" . Par respect pour l'action et l'âge de l'homme, le pape le fait asseoir sur le trône pontifical.
Par la suite, Paul Zoungrana se fait connaître notamment par le soutien qu'il apporte à l'africanisation de la liturgie catholique.
Paul Zoungrana démissionne de sa charge d'archevêque de Ouagadougou le , à l'âge de soixante-dix-huit ans, et meurt cinq ans plus tard. Il est enterré dans la cathédrale de Ouagadougou.