Pandoravirus

Pandoravirus

Classification

Groupe	Groupe I

Famille

Pandoraviridae
Philippe, Legendre, Doutre, Couté, Poirot, Lescot, Arslan, Seltzer, Bertaux, Bruley, Garin, Claverie, Abergel, 2013

Genre

Pandoravirus
Philippe, Legendre, Doutre, Couté, Poirot, Lescot, Arslan, Seltzer, Bertaux, Bruley, Garin, Claverie, Abergel, 2013

Pandoravirus est un genre de virus géants, le seul de la famille des Pandoraviridae.

Description

Ces virus possèdent entre 1 900 et 2 500 gènes et leur complexité est telle qu'ils seraient assimilables à une nouvelle forme de vie[1],[2].

Leur nom est dû à la boîte de Pandore car leurs découvreurs, en 2013, appartenant au laboratoire Information génomique et structurale (CNRS/Université Aix-Marseille), associés au laboratoire Biologie à Grande Échelle (CEA/Inserm/Université Grenoble Alpes), équipe dirigée par Jean-Michel Claverie et Chantal Abergel, ont estimé que les caractéristiques de ces virus « ont fait penser à la boîte de Pandore : ouvrir cette boîte va véritablement briser les fondations de ce qu'on savait sur les virus jusqu'à présent [3] ». De plus, leur forme en amphore correspond à celle de la boîte de Pandore originelle dans la mythologie[2],[4].

Diversité génétique et gènes orphelins

Malgré la grande similarité de leur forme et de leur fonctionnement, les six pandoravirus connus ne partagent que la moitié de leurs gènes codant des protéines, ce qui est tout à fait exceptionnel pour une même famille biologique.

Un autre caractère exceptionnel des pandoravirus est qu'ils possèdent un grand nombre de gènes orphelins, c'est-à-dire codant des protéines sans équivalent dans le reste du monde vivant. De plus ces gènes diffèrent d'un pandoravirus à l'autre. Les gènes orphelins ressemblent par contre à des séquences non codantes de leur génome, ce qui suggère la création spontanée de ces gènes au sein des régions intergéniques (une autre spécificité inconnue ailleurs que chez les pandoravirus[5]), ou que ces virus seraient les résidus viraux de lignées cellulaires primitives, éteintes aujourd'hui au profit des familles cellulaires modernes (eucaryotes, archées et eubactéries)[6], ces deux explications n'étant d'ailleurs pas incompatibles. Les études ont montré que 93 % des gènes de Pandoravirus n’existent, ni chez les autres virus, ni dans le monde cellulaire[7].

Liste des espèces

Six espèces de Pandoravirus sont connues en 2018 :

• P. dulcis, découvert en 2013 dans le sédiment d'une mare en Australie[1],[2] ;
• P. salinus, découvert en 2013 dans une couche sédimentaire marine au large des côtes chiliennes[1],[2] ;
• P. inopinatum, découvert en Allemagne dans l’œil d'un patient souffrant de kératite[8],[9] ;
• P. quercus, découvert en 2017 dans le sol à Marseille (France)[10] ;
• P. neocaledonia, découvert en 2017 dans l'eau saumâtre d'une mangrove près de l'aéroport de Nouméa (Nouvelle-Calédonie)[10] ;
• P. macleodensis, découvert en 2017 dans l'eau douce d'un étang près de Melbourne (Australie), à seulement 700  m du site de la découverte de P. dulcis[10].

Notes et références

1. (en) Philippe N, Legendre M, Doutre G, Couté Y, Poirot O, Lescot M, Arslan D, Seltzer V, Bertaux L, Bruley C, Garin J, Claverie JM, Abergel C., « Pandoraviruses: amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes », Science, vol. 341, n^o 6143,‎ 19 juillet 2013, p. 281-6. (PMID 23869018, DOI 10.1126/science.1239181, résumé)
2. Pandoravirus : découverte d’un chaînon manquant entre le monde viral et le monde cellulaire, article sur le site du CEA, daté du 19 juillet 2013.
3. Des chercheurs français découvrent deux nouveaux virus géants, article du quotidien Le Monde, daté du 19 juillet 2013.
4. Olivier Donnars, « La famille des virus géants s'agrandit », La Recherche, N°480, Octobre 2013, p.20-21.
5. « Pandoravirus : des virus géants qui inventent leurs propres gènes », sur CNRS, 11 juin 2018 (consulté le 23 juin 2018).
6. « Science: Supersized Viruses Break Records, Raise Questions », sur American Association for the Advancement of Science, 18 juillet 2013.
7. « Pandoravirus : la famille des virus géants s'agrandit », sur Pour la science, 12 août 2013.
8. (en) P. Scheid, L. Zöller, S. Pressmar, G. Richard et R. Michel, « An extraordinary endocytobiont in Acanthamoeba sp. isolated from a patient with keratitis », Parasitology Research, vol. 102, n^o 5,‎ avril 2008, p. 945-950 (DOI 10.1007/s00436-007-0858-3).
9. (en) M. H. Antwerpen, E. Georgi, L. Zoeller, R. Woelfel, K. Stoecker et P. Scheid, « Whole-Genome Sequencing of a Pandoravirus Isolated from Keratitis-Inducing Acanthamoeba », Genome Announcements, vol. 3, n^o 2,‎ mars-avril 2015, p. 1-2, article n^o e00136-15 (lire en ligne [PDF], consulté le 3 juillet 2018).
10. (en) Matthieu Legendre, Elisabeth Fabre, Olivier Poirot, Sandra Jeudy, Audrey Lartigue et al., « Diversity and evolution of the emerging Pandoraviridae family », Nature Communications, vol. 9,‎ 11 juin 2018, article n^o 2285 (lire en ligne, consulté le 23 juin 2018).