Jean-Michel Claverie, né le 6 mai 1950 à Paris (13ème), est un biologiste français, virologiste, découvreur des premières familles de virus géants. Retraité, il exerce comme Professeur émérite à la faculté de médecine de l'université d'Aix-Marseille. En 2003, son laboratoire a participé à la description du premier virus géant Mimivirus[1]. Le concept de "virus géant" a ensuite été étendu par la découverte des prototypes de 3 nouvelles familles de virus géants: Pandoravirus (en 2013), Pithovirus (en 2014) et Mollivirus en (2015). Ces deux derniers virus, isolés à partir de pergélisol sibérien ont également démontré la capacité de survie des virus à de longues périodes de congélation dans le sol, un danger popularisée par les médias comme celui des "virus zombies"[2],[3].
Biographie
Jean-Michel Claverie, est le fils unique de Pierre Richard Jack Claverie (1925-2004), kinésithérapeute et professeur d’EPS, et de Monique Raymonde Simone Gouge (1925-2017), comptable.
Après des études à Paris au lycées Honoré de Balzac puis au lycée Carnot, il a suivi une formation très pluridisciplinaire (Biochimie, biophysique, physique théorique et informatique) au sein des université Paris VI, VII et XI.
En 1975, Il est embauché au CNRS dans le grade de Stagiaire de Recherche, juste après avoir soutenu sa thèse de spécialité en Biochimie.
Sa thèse de doctorat d’Etat es Science (Sept 1977) a été dirigé par René Cohen dans le laboratoire de Physique Biologique au sein de l’Institut Jacques Monod, alors sur le campus de Jussieu. Elle est intitulée « Modélisation mathématique et simulation des systèmes biologiques », et porte principalement sur la résolution numérique d’une formulation variationnelle de systèmes d’équations différentielles couplées de type Navier-Stokes à l’aide de la méthode des éléments finis[4].
Son doctorat en poche, il effectue son service militaire comme VSNA en tant que chercheur post-doctoral (1977-1979) dans le laboratoire du Prof. Jean-Paul Thirion, au CHU de Sherbrooke (Québec, Canada). Il s’y familiarise avec le domaine de la génétique des cellules somatiques[5] et le Québec en pleine révolution politique et culturelle.
Après un cours retour en France, il repart en détachement au Salk Institute (La Jolla, Californie, E-U.) comme chercheur post-doctoral dans le laboratoire de Biologie du développement dirigé par le Prof. Melvin Cohn, ou il se forme à l’immunologie au contact de Rodney Langman[6].
De retour à Paris en 1981 en tant que Chargé de Recherche au CNRS, il intègre l’Institut Pasteur pour y créer et diriger l’unité d’informatique scientifique, dont les recherche et les développements ont contribué à l’émergence de la « Bioinformatique » (terme qui n’est apparu qu’en 1990). Il est nommé Chef de Laboratoire à l’Institut Pasteur en 1982[7].
A la même période J.M. Claverie initie une collaboration intellectuelle avec le Prof. Philippe Kourilsky dans le domaine de l’immunologie cellulaire qui aboutira à la formulation du concept du « soi peptidique », qui a clarifié le rôle alors confus du complexe majeur d’histocompatibilité dans la spécificité des réponses immunitaires adaptatives[8],[9].
Après un passage éclair comme professeur d’immunologie à l’Université de Rouen (1989-1990), il est de nouveau recruté par le CNRS comme directeur de recherche en 1990.
Suite à un désaccord sur la stratégie de développement de la Bioinformatique à l’Institut Pasteur, J-M. Claverie retourne aux E-U détaché du CNRS sur un poste de « senior visiting scientist » au NIH (campus de Bethesda, Maryland) à l’invitation de David Lipman directeur du National Center for Biotechnology Information créé pour accompagner l’essor d’une nouvelle discipline, la génomique. Il y participera à plusieurs projets de bioinformatique[10],[11], dont l’identification du gène associé au syndrome de Kallmann[12].
Après un intermède de quelques mois comme directeur de la recherche informatique dans l’entreprise Incyte Pharmaceuticals (Palo Alto, Californie), Il rejoint Marseille en 1995 à l’invitation du CNRS pour créer le Laboratoire Information Génétique et Structurale avec Chantal Abergel, spécialiste en biologie structurale des protéines.
Après plusieurs années de travaux dans le domaine de la génomique des bactéries parasites intracellulaires (en collaboration avec l’Unité des Rickettsies dirigées par le Prof. Didier Raoult)[13],[14] , il participe à la découverte du premier virus géant, Mimivirus, qui va initier une réorientation complète de sa carrière et de son laboratoire rebaptisé « Information Génomique et Structurale », successivement unité de recherche mixte CNRS-Aventis (1999-2002), unité propre du CNRS (2003-2011), puis unité mixte CNRS-Université Aix-Marseille (2012- ).
La révolution des virus géants (2003- )
La découverte de Mimivirus[15],[16], un virus d’amibe doté une particule facilement visible au microscope optique et d’un génome d’une taille comparable à une bactérie a ouvert une nouvelle ère en virologie, qui s’est enrichie de nombreuses autres familles de virus géants infectant divers protistes dans les 20 années qui suivirent[17]. Cet élargissement imprévu du monde viral a amené le Comité International de Taxonomy Virale (ICTV [18]) à en revoir la classification de fond en comble, notamment en adoptant une nomenclature binomialed'inspiration linnéenne.
Sous la direction de J.-M. Claverie, le laboratoire IGS a isolé et caractérisé les prototypes de 3 nouvelles familles de virus géants nommés Pandoravirus (en 2013)[19], Pithovirus (en 2014)[20] et Mollivirus (en 2015)[21]. Ces deux derniers virus, ressuscités de pergélisol sibérien vieux d’environ 30.000 ans, ont initié la très médiatique notion de virus « zombie »[22],[2]. La thématique de recherche sur les virus géants est désormais poursuivie au plan environnemental comme fonctionnel sous la direction de Chantal Abergel, à la tête du laboratoire depuis 2018.
Responsabilités administratives et scientifiques (liste partielle)* Directeur de 11 thèses de doctorat[23]
Direction de l’informatique scientifique de l’Institut Pasteur, Paris (1982-1992)
Direction du laboratoire « Information Génomique & Structurale », Marseille, (1995-2017)
Direction de l’Institut de Microbiologie de la Méditerranée, Marseille, (2008-2017)
Conseil scientifique du Centre National de Séquençage ("Genoscope")(1998-2002, 2006-2011)
Conseil Scientifique du Consortium National de Recherche en Génomique (2002-2006)
Conseil scientifique des Instituts Max Planck, Berlin (Allemagne)(2002-2010)
Comité National de la Recherche Scientifique (2001-2005)
Panel des « reviewing editors », Science (USA) (2002-2012)
Co-fondateur et vice-président de la Société Française de Virologie (2015-2020)[24]
Distinctions
Prix Pierre BOIS (Université McGill, Montréal, 2000)
↑(en) Jean‐Michel Claverie, « Sedimentation of generalized systems of interacting particles. III. Concentration‐dependent sedimentation and extension to other transport methods », Biopolymers, vol. 15, no 5, , p. 843–857 (ISSN0006-3525 et 1097-0282, DOI10.1002/bip.1976.360150504, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Jean-Michel Claverie et Rodney Langman, « Models for the rearrangements of immunoglobulin genes: a computer view », Trends in Biochemical Sciences, vol. 9, no 7, , p. 293–296 (DOI10.1016/0968-0004(84)90292-5, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Philip Green, David Lipman, LaDeana Hillier et Robert Waterston, « Ancient Conserved Regions in New Gene Sequences and the Protein Databases », Science, vol. 259, no 5102, , p. 1711–1716 (ISSN0036-8075 et 1095-9203, DOI10.1126/science.8456298, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Jean-Michel Claverie, « A Streamlined Random Sequencing Strategy for Finding Coding Exons », Genomics, vol. 23, no 3, , p. 575–581 (DOI10.1006/geno.1994.1545, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Renaud Legouis, Jean-Pierre Hardelin, Jacqueline Levilliers et Jean-Michel Claverie, « The candidate gene for the X-linked Kallmann syndrome encodes a protein related to adhesion molecules », Cell, vol. 67, no 2, , p. 423–435 (DOI10.1016/0092-8674(91)90193-3, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Hiroyuki Ogata, Stéphane Audic, Patricia Renesto-Audiffren et Pierre-Edouard Fournier, « Mechanisms of Evolution in Rickettsia conorii and R. prowazekii », Science, vol. 293, no 5537, , p. 2093–2098 (ISSN0036-8075 et 1095-9203, DOI10.1126/science.1061471, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Didier Raoult, Stéphane Audic, Catherine Robert et Chantal Abergel, « The 1.2-Megabase Genome Sequence of Mimivirus », Science, vol. 306, no 5700, , p. 1344–1350 (ISSN0036-8075 et 1095-9203, DOI10.1126/science.1101485, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Chantal Abergel, Matthieu Legendre et Jean-Michel Claverie, « The rapidly expanding universe of giant viruses: Mimivirus, Pandoravirus, Pithovirus and Mollivirus », FEMS Microbiology Reviews, vol. 39, no 6, , p. 779–796 (ISSN1574-6976, DOI10.1093/femsre/fuv037, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Peter J. Walker, Stuart G. Siddell, Elliot J. Lefkowitz et Arcady R. Mushegian, « Changes to virus taxonomy and to the International Code of Virus Classification and Nomenclature ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2021) », Archives of Virology, vol. 166, no 9, , p. 2633–2648 (ISSN0304-8608 et 1432-8798, DOI10.1007/s00705-021-05156-1, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Nadège Philippe, Matthieu Legendre, Gabriel Doutre et Yohann Couté, « Pandoraviruses: Amoeba Viruses with Genomes Up to 2.5 Mb Reaching That of Parasitic Eukaryotes », Science, vol. 341, no 6143, , p. 281–286 (ISSN0036-8075 et 1095-9203, DOI10.1126/science.1239181, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Matthieu Legendre, Julia Bartoli, Lyubov Shmakova et Sandra Jeudy, « Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 111, no 11, , p. 4274–4279 (ISSN0027-8424 et 1091-6490, PMID24591590, PMCIDPMC3964051, DOI10.1073/pnas.1320670111, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux et Sandra Jeudy, « In-depth study of Mollivirus sibericum , a new 30,000-y-old giant virus infecting Acanthamoeba », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 112, no 38, (ISSN0027-8424 et 1091-6490, PMID26351664, PMCIDPMC4586845, DOI10.1073/pnas.1510795112, lire en ligne, consulté le )
