En 2002, elle est de nouveau élue à l'Assemblée législative puis, en 2004 remporte est élue à la Lok Sabha dans la circonscription d'Anantnag. La même année, elle succède à son père en tant que présidente du JKPDP.
En 2014, Mehbooba Mufti est de nouveau députée de la circonscription d'Anantnag. En 2015, après les élections au Jammu-et-Cachemire, le JKPDP conclut un accord de coalition avec le BJP, Mufti Mohammad Sayeed devient alors ministres en chef de l'État. Il meurt le et après plusieurs semaines de négociation, Mehbooba Mufti est désignée pour succéder à son père. Elle est la première femme à diriger le gouvernement du Jammu-et-Cachemire.
Le , à la suite de la révocation du statut d'autonomie du Jammu-et-Cachemire par le gouvernement indien de Narendra Modi, plusieurs hauts responsables politiques de la région, dont Mehbooba Mufti, ont été placé sen résidence surveillée par les autorités fédérales[2].