En tant que président de la Confédération, il donne un discours à la nation, alors en pleine crise de confiance à la suite de la capitulation française, le , afin de rassurer la population[1]. Ce discours, approuvé par l'ensemble du Conseil fédéral, est ambigu car il parle d'une réforme autoritaire de la démocratie[2] et est très mal perçu par la population. Outre l'admission tacite que la guerre est alors terminée, ce discours ne parle pas du rôle de l'armée et ne contient pas les termes de démocratie ou de neutralité[3]. L'ambiguïté augmente encore lorsqu'en septembre il reçoit des membres du Mouvement national suisse (pro-hitlérien).
Néanmoins, il applique la politique officielle de neutralité et d'indépendance. En tant que chef de la politique extérieure, Pilet-Golaz doit trouver un équilibre entre les exigences allemandes, les demandes des Alliés et la volonté de rester indépendante de la Suisse. La voie qu’il choisit alors, établissant un relativement bon rapport avec le Troisième Reich, fut très contestée, aussi bien pendant qu’après la guerre. Il crée alors le concept de « neutralité active » qui sera repris dans d'autres circonstances aux débuts du XXIe siècle[4].
Sa tentative d’entrer en contact secret avec l’Union soviétique que le gouvernement n'a jamais officiellement reconnue[5] en 1944 est sèchement refusée par celle-ci qui accuse publiquement le gouvernement suisse de mener une « politique pro-fasciste »[6]. La presse et l'opinion publique rendent Pilet-Golaz responsable de cette politique et le poussent à la démission, ce qu'il fait le [4]. Il se retire alors dans son domaine d'Essertines-sur-Rolle, sans jamais s'expliquer sur son action politique.
↑« Les années de la Seconde Guerre mondiale ont-elles vu naître un «totalitarisme helvétique» ? - Helvetia Historica », Helvetia Historica, (lire en ligne, consulté le )