Elle commence sa carrière par le VTT puis très vite s'oriente vers la route. Le manque de résultats la dirige naturellement vers la piste où elle s'exprime surtout dans la poursuite individuelle et la course aux points. Après des participations aux championnats du monde sans relief (hormis une quatrième place aux mondiaux 1999), elle obtient à près de 36 ans, la médaille de bronze aux Jeux olympiques d'Athènes de 2004 dans la course aux points. Elle devient, ainsi, le premier représentant du cyclisme colombien à obtenir une médaille aux Jeux.
Lors de ces Jeux, elle est déclarée positive à un stimulant, l'heptaminol[2] et doit rendre sa médaille. Un an plus tard, le CIO la lui restitue, les analyses en laboratoire ayant confirmé la bonne foi de l'athlète[3].
Elle revient à la compétition en décembre 2005, lors de la manche de coupe du monde de Manchester. Elle ne dépasse pas le tour de qualifications dans les trois épreuves auxquelles elle participe. Cependant, elle termine cinquième de la poursuite individuelle[4]. En janvier 2006, elle dispute la manche de coupe du monde de Los Angeles. Elle s'incline, seulement, en finale de la poursuite, face à Sarah Hammer[5]. Ces deux résultats la classent au troisième rang de la coupe du monde 2005-2006 de poursuite individuelle[6].
Aux Jeux de Pékin, María Luisa Calle est choisie pour être le porte-drapeau de la délégation colombienne[8]. Lors de la course aux points, elle prend la quatrième place. La compétition se déroule sur 100 tours avec un sprint octroyant des points tous les 10 tours. Elle revient à égalité de points avec Leire Olaberría lors du pénultième sprint. Il lui suffit, alors, de finir devant sa rivale lors du 10e et dernier sprint, prépondérant pour s'adjuger la troisième place[9]. Las ! L'Espagnole la devance et s'adjuge la médaille. Calle fera bonne figure devant la presse de son pays en déclarant être contente de sa compétition, une quatrième place aux Jeux restant un excellent résultat[10].
Les années qui suivent voient les résultats (au niveau mondial) de la pistarde déclinés. Cependant elle reste toujours compétitive au niveau continental. Comme le prouvent ses médailles d'or aux Jeux sud-américains et d'Amérique centrale et des Caraïbes de 2010.
En 2012, elle remporte son cinquième titre en poursuite individuelle aux championnats panaméricains de Mar del Plata[12]. En finale, malgré un temps de qualification proche, elle rejoint son adversaire cubaine pour s'adjuger l'or[12]. Par contre, elle échoue au pied du podium de la course omnium, pour un point[13]. Toujours pas qualifiée pour les J. O., dans cette discipline et absente des mondiaux en Australie, elle bénéficie de la participation de sa compatriote Diana García à cette course, pour obtenir le précieux sésame pour Londres, où elle disputera ses quatrièmes Jeux. Elle est également inscrite dans l'épreuve du contre-la-montre sur route[14]. Quelques jours avant le début des Jeux, María Luisa Calle apprend qu'elle ne pourra participer au contre-la-montre. L'Union cycliste internationale refuse son inscription, basant sa décision sur le fait que la fédération colombienne aurait mal interprété le règlement olympique. Pour la sportive, c'est un véritable coup dur car toute sa préparation était dirigée vers cette discipline, n'étant pas une spécialiste de la course omnium[15].
María Luisa Calle est contrôlé positive aux Jeux panaméricains de 2015 à une hormone de croissance. Le , l'UCI la suspend pour quatre ans[16].
En 2020, un an après la fin de sa suspension, à 52 ans, elle s'engage au départ du Tour de Colombie féminin[17].
Vie extra-sportive
María Luisa Calle est mariée sans enfant. Elle est diplômée de l'Université de La Salle (Bogota) en administration des entreprises agricoles[7]. Sa médaille olympique lui a donné une grande renommée chez elle, au point qu'un complexe récréo-sportif porte son nom, dans sa ville natale[18]. Lors des élections municipales de 2007, María Luisa Calle apporte son soutien au candidat pour la mairie de Medellín, Luis Pérez(es)[19]. Celui-ci est membre du parti libéral colombien, parti membre de la coalition du nouveau président de la Colombie, Juan Manuel Santos.
Dopage
Lors des Jeux olympiques d'Athènes de 2004, elle est déclarée positive à un stimulant, l'heptaminol[2] et doit rendre sa médaille qui revient à la quatrième de la course, Erin Mirabella. Un an plus tard, le CIO restitue la médaille à la sportive, les analyses en laboratoire ayant confirmé la bonne foi de l'athlète. Calle avait pris un médicament, pour des maux de tête, contenant de l'isometheptene qui se transforme en heptaminol en laboratoire. L'isometheptene, n'étant pas une substance prohibée, María Luisa récupère sa médaille en [3].
En 2015, elle échoue à un contrôle antidopage après sa participation à la poursuite par équipes des Jeux panaméricains de Toronto. Elle ne peut pas défendre son titre en poursuite individuelle[20]. Le contrôle du se révèle positif à la pralmoréline (GHRP2), une hormone de croissance. Le , l'UCI la suspend pour quatre ans, jusqu'au [16].