Durant l'entre-deux-guerres, il collabore à plusieurs revues, notamment l’École libératrice, Europe, Feuilles libres de la quinzaine, la Flèche (périodique de Front commun) et la Voix de la paix.
Plus sensible à la défense de la paix qu'au combat contre le fascisme, il est l'un des représentants du courant du pacifisme intégral, rétif à toute guerre, y compris contre l'Allemagne nazie. Membre du comité central de la LDH (1934-37), il en démissionne avec ses amis pacifistes (Bergery et Félicien Challaye notamment) en 1937, au nom de la défense de la paix et par opposition aux prises de position de la Ligue au sujet des Procès de Moscou — qu'Emery dénonce — et de la question de l'intervention en Espagne durant la Guerre d'Espagne, qu'Emery refuse. Il quitte la LDH en 1939, entrainant la disparition de sa fédération du Rhône, qui se reconstitue sous la présidence d'André Philip[4]. Au lendemain de la déclaration de guerre en , il cosigne un tract pacifiste rédigé par Louis Lecoin exigeant une paix immédiate. Contrairement à d'autres signataires tel Marcel Déat, il reconnaît l'avoir signé alors qu'il est poursuivi par la justice[5].
Pendant la guerre, cet anticommuniste est favorable à la victoire allemande pour « sauver l’Europe de l’impérialisme russe »[6]. Il adhère au Rassemblement national populaire[7] (RNP), le parti collaborationniste de Marcel Déat, qui fut un pacifiste de gauche comme lui avant guerre. Il appuie l'Union de l'enseignement, l'association des enseignants du RNP fondée en 1942[8], et tient des conférences sous l'égide du RNP, affirmant qu'une guerre d'usure profiterait au « bolchevisme »[9]. Il collabore en 1944 à l'hebdomadaire Germinal.
Doctrinaire de la Révolution nationale qu’il est soucieux de promouvoir auprès de Pétain, ses propositions collaborationnistes pour une union occidentale resteront lettre morte face au poids politique des maurassiens[citation nécessaire]. Il assure cependant la formation idéologique d'instituteurs sous l'égide des Amis du Maréchal[10], à l’École d’Allevard en 1942-1943. Il est aussi conférencier à l'École des cadres de la Légion française des combattants d'Allevard[11].
Cependant, il ne s’en prend pas aux Juifs et en sauve même un de la déportation, le pacifiste intégral Michel Alexandre, avec qui il cofonda les Feuilles libres de la quinzaine[12] avant la guerre[3]. Dominique Sordet, qui publie son livre sur la Troisième République, lui reproche d'ignorer la question juive[13].
À la Libération, il est interné à la prison Saint-Paul de Lyon[14]. Il est condamné en à Lyon à cinq ans de prison — mais il est libéré en 1946 en raison de mauvaise santé[15].
D'octobre 1951 à 1979, il publie à Lyon une revue bimestrielle « d’information et de culture » qu’il rédige seul, les Cahiers libres[16]. Il collabore parallèlement aux revues anticommunistes de ses amis Georges Albertini et Claude Harmel — anciens pacifistes et anciens du RNP[17] —, notamment Est § Ouest, et à celle de l'Institut d'histoire sociale de Boris Souvarine, Le Contrat social (1957-1968), tout aussi anticommuniste[18]. Il a été invité à donner des conférences dans d'autres cercles anticommunistes, tel le Centre d'études politiques et civiques en 1957[19].
Devenu presque aveugle à la fin de sa vie, il se convertit à la religion catholique[20].
↑Pierre Rigoulot, op. cit., p. 97 : il seconde Ludovic Zoretti, ancien pacifiste, nommé délégué du parti en zone non-occupée, sans pour autant occuper de fonction officielle.
↑Pierre Rigoulot, op. cit., p. 67: conférence à Bordeaux du 27 juin 1942, « De Munich à Montoire ».
↑Natacha Deyres et Olivier Messac, Régis Messac : un écrivain-journaliste à re-connaître, Paris Bordeaux, Éditions Ex nihilo Université Michel-de-Montaigne-Bordeaux3, , 257 p. (ISBN978-2-916185-20-0), p. 96.
↑Feuillets d'Allevard, Centre régional d'études de la Légion française des combattants, no 3, juin 1943, Léon Emery, « La politique », brochure de 39 p., Ibid., n° 6, novembre 1943, L. Emery, « L'Occident en péril ».
↑Du fait de problèmes de santé: Hanna Diamond, Simon Kitson, Vichy, Resistance, Liberation: New Perspectives on Wartime France, Bloomsbury Publishing, 2005, p. 42.
↑Pierre Rigoulot, op. cit., p. 32 et 54 : Albertini a connu Emery et son épouse Marie-Thérèse à la CGT et au CVIA au milieu des années 1930, et il collabora aux Feuilles libres de la quinzaine.
↑Les Cahiers du CEPEC, no 8: 14e dîner du CEPEC, en décembre 1957, conférence sur « l’orientation de la science soviétique : d’un pouvoir barbare à une science sans humanisme ». Georges Laederich le présente comme « un spécialiste du problème russe » et comme « un maître à penser comme il n’en existe que très peu ». Le CEPEC a publié dans un de ses bulletins un article d'Emery issu de la revue de Boris Souvarine, Le Contrat social, avec l’accord de ce-dernier. Souvarine assiste à la conférence d'Emery.
Simon Epstein, Un paradoxe français : antiracistes dans la Collaboration, antisémites dans la Résistance, Paris, Albin Michel, coll. « Bibliothèque de l'histoire », , 622 p. (ISBN978-2-226-17915-9)
Roger Martin, Idéologie et action syndicale. Les instituteurs de l'entre-deux-guerres. L'exemple rhodanien, Lyon, Presses universitaires de Lyon, 1982, 448 p.
Maurice Moissonnier, Le Mouvement ouvrier rhodanien dans la tourmente: 1934-1945. Le front populaire, Aléas, 2004
Dictionnaire biographique du mouvement ouvrier français, Tome 27, Paris, Editions ouvrières, 1986
Pierre Rigoulot, Georges Albertini. Socialiste, collaborateur, gaulliste, Perrin, 2012