Il noue des relations avec des gouvernements anti-Nasser, la Jordanie, le Liban et l'Arabie saoudite. Il se rapproche du Royaume-Uni et des États-Unis. Il pratique une politique économique libérale, en privatisant les entreprises qui avaient auparavant été nationalisées par Nasser. Il est destitué par le coup d'Etat du parti Baas du .
À la suite du coup d'État, il est désigné président du conseil révolutionnaire national chargé d'exercer l'autorité exécutive dans le pays. Ses pouvoirs sont très limités et il démissionne de son poste quatre mois plus tard.
Il mène le coup d'Etat de 1963. Devenu président, il mène d’importantes réformes sociales et se rapproche du bloc soviétique. Le , il est renversé à son tour par la faction du parti Baas dirigée par Salah Jedid.
Secrétaire général du Baas, il dirige sous l'influence de Jedid. Il est renversé par le coup d'Etat du ministre de la Défense Hafez el-Assad et emprisonné.
Par intérim jusqu'au . Il ne rompt pas avec les régimes dictatoriaux qui l'ont précédé, mais au contraire en accroit la dimension répressive, et s'efforce de contrôler chaque secteur de la société à travers un vaste appareil policier et de renseignement. Il met en place un culte de la personnalité. Faisant face à une insurrection des Frères musulmans dès 1976, sa répression est terrible et culmine en 1982 lors du massacre de Hama qui fait des milliers de victimes.
Il succède à son père le 10 juillet 2000. Initialement vu comme un réformateur appelé à démocratiser le pays, il libéralise timidement le régime. Cependant, cet élan s'arrête rapidement, l'état d'urgence reste en vigueur et la répression se poursuit. Depuis mars 2011, il fait face à une contestation populaire, née dans le cadre des printemps arabes, dont la répression armée mène à la défection de militaires puis à une guerre civile. En quelques années, plus de la moitié de la population est déplacée, en raison de nombreux massacres et exactions envers les civils, commises notamment par le régime d'Assad.