Liste d'espèces dont le génome est séquencé

La liste ci-dessous, non exhaustive, présente des espèces dont le génome a été complètement séquencé à la date du .

Projets de séquençage global, voire de tout le vivant

Après que le séquençage ait été fait pour l'Homme (en 30 ans environ), plusieurs projets visent à séquencer le génome d'un grand nombre d'espèces de quelques groupes taxonomiques, et même de tout le vivant[1] :

  • le projet Genoma 10K veut séquencer 10 000 génomes de vertébrés (environ pour chaque genre) ;
  • le projet I5K souhaite déchiffrer le génome de 5000 arthropodes ;
  • le projet B10K voudrait déchiffrer les génomes de chacune des environ 10 500 espèces d'oiseaux ;
  • le projet Earth BioGenome, préparé dès 2015 et initié en 2017, entend séquencer l'ensemble des espèces connues de la planète.

Plantes

Quelques éléments de la Liste d'espèces de plantes dont le génome est séquencé :

Champignon

Insectes

Coleoptera

Diptera

Culicidae

Psychodidae

Drosophilidae

Syrphidae

Phoridae

Hemiptera

Hymenoptera

Formicidae

  • Acromyrmex echinatior fourmis (2011)[24]
  • Atta cephalotes, fourmis (2011)[25]
  • Atta colombica, fourmis (2012)
  • Camponotus floridanus, fourmis (2010)[26]
  • Cardiocondyla obscurior, fourmis (2012)
  • Cyphomyrmex costatus, fourmis (2011)
  • Formica selysi, fourmis (2012)
  • Harpegnathos saltator, fourmis (2010)[26]
  • Lasius flavus, fourmis (2019)
  • Lasius niger, fourmis (2019)
  • Linepithema humile, fourmis (2011)[27]
  • Monomorium pharaonis, fourmis
  • Myrmecia crosslandi, fourmis
  • Myrmecia pilosula, fourmis
  • Mystrium rogeri, fourmis
  • Odontomachus hastatus, fourmis
  • Paraponera clavata, fourmis
  • Paratrachymyrmex cornetzi, fourmis (2015)
  • Pogonomyrmex barbatus, fourmis (2011)
  • Pogonomyrmex colei, fourmis (2015)
  • Pseudomyrmex gracilis, fourmis
  • Solenopsis invicta, fourmis (2011)[28],[29]
  • Tetramorium caespitum, fourmis (2015)
  • Trachymyrmex septentrionalis, fourmis
  • Vollenhovia emeryi, fourmis (2015)
  • Vollenhovia nipponica, fourmis (2015)

Apidae

Pteromalidae

Lepidoptera

Bombycidae

Nymphalidae

Plutellidae

Phthiraptera

Pediculidae

Pediculus humanus, pou (2010)[35]

Autres Invertébrés

Vertébrés

Poissons

Reptiles

Batraciens

Oiseaux

Mammifères

Notes et références

  1. (en) Elisabeth Pennisi, « Biologists propose to sequence the DNA of all life on Earth », Science,‎ (DOI 10.1126/science.aal0824 Accès libre, lire en ligne, consulté le ).
  2. (en) J. Parkhill, B. W. Wren, K. Mungall, J.M. Ketley, C. Churcher, D. Basham, T. Chillingworth, R.M. Davies, T. Feltwell et al., « The genome sequence of the food-borne pathogen Campylobacter jejuni reveals hypervariable sequences », Nature, vol. 403, no 6670,‎ , p. 665-668 (ISSN 0028-0836, DOI 10.1038/35001088, lire en ligne)
  3. (en) Sebastian Suerbaum, Christine Josenhans, Torsten Sterzenbach, Bernd Drescher, Petra Brandt, Monica Bell, Marcus Dröge, Berthold Fartmann, Hans-Peter Fischer et al., « The complete genome sequence of the carcinogenic bacterium Helicobacter hepaticus », PNAS, vol. 100, no 13,‎ , p. 7901-7906 (ISSN 0027-8424, DOI 10.1073/pnas.1332093100, lire en ligne)
  4. (en) Jean-F. Tomb, Owen White, Anthony R. Kerlavage, Rebecca A. Clayton, Granger G. Sutton, Robert D. Fleischmann, Karen A. Ketchum, Hans Peter Klenk, Steven Gill et al., « The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori », Nature, vol. 338, no 6642,‎ , p. 539-547 (ISSN 0028-0836, DOI 10.1038/41483, lire en ligne)
  5. a b c d e f g h i j k l m et n (en) « Genome information by organism », sur www.ncbi.nlm.hih.gov (consulté le )
  6. Keeling CJ; Yuen MM; Liao NY et al. (2013). "Draft genome of the mountain pine beetle, Dendroctonus ponderosae Hopkins, a major forest pest". Genome Biology 14 (3): R27. DOI 10.1186/gb-2013-14-3-r27. PMID 23537049.
  7. Tribolium Genome Sequencing Consortium; Gibbs; Weinstock; Brown; Denell; Beeman; Gibbs; Beeman; Brown; Bucher; Friedrich; Grimmelikhuijzen; Klingler; Lorenzen; Richards; Roth; Schröder; Tautz; Zdobnov; Muzny; Gibbs; Weinstock; Attaway; Bell; Buhay; Chandrabose; Chavez; Clerk-Blankenburg; Cree; Dao (April 2008). "The genome of the model beetle and pest Tribolium castaneum". Nature 452 (7190): 949–55.Bibcode : 2008Natur.452..949R. DOI 10.1038/nature06784. PMID 18362917.
  8. Nene V; Wortman JR; Lawson D; Haas, B. et al. (June 2007). "Genome sequence of Aedes aegypti, a major arbovirus vector". Science 316(5832): 1718–23. Bibcode : 2007Sci...316.1718N.DOI 10.1126/science.1138878. PMC 2868357. PMID 17510324.
  9. Marinotti O, et al.The genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector. Nucleic Acids Res 2013 Aug
  10. Krzywinski J, et al. Analysis of the complete mitochondrial DNA from Anopheles funestus: an improved dipteran mitochondrial genome annotation and a temporal dimension of mosquito evolution. Mol Phylogenet Evol 2006 May
  11. Holt RA; Subramanian GM; Halpern A et al. (October 2002). "The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae". Science298 (5591): 129–49. Bibcode : 2002Sci...298..129H. DOI 10.1126/science.1076181. PMID 12364791. H
  12. Peery A, et al. Improving the population genetics toolbox for the study of the African malaria vector Anopheles nili: microsatellite mapping to chromosomes. Parasit Vectors 2011 Oct 19
  13. Zhou, Dan; Zhang, Donghui; Ding, Guohui; Shi, Linna; Hou, Qing; Ye, Yuting; Xu, Yang; Zhou, Huayun; Xiong, Chunrong; Li, Shengdi; Yu, Jing; Hong, Shanchao; Yu, Xinyou; Zou, Ping; Chen, Chen; Chang, Xuelian; Wang, Weijie; Lv, Yuan; Sun, Yan; Ma, Lei; Shen, Bo; Zhu, Changliang (2014). "Genome sequence of Anopheles sinensis provides insight into genetics basis of mosquito competence for malaria parasites". BMC Genomics 15 (1): 42. DOI 10.1186/1471-2164-15-42. PMC 3901762. PMID 24438588.
  14. Zhou D, et al. Genome sequence of Anopheles sinensis provides insight into genetics basis of mosquito competence for malaria parasites. BMC Genomics 2014 jan 18
  15. a et b Arensburger P; Megy K; Waterhouse RM; Abrudan, J. et al. (October 2010). "Sequencing of Culex quinquefasciatus Establishes a Platform for Mosquito Comparative Genomics". Science 330 (6000): 86–88.Bibcode : 2010Sci...330...86A. DOI 10.1126/science.1191864.PMC 3740384. PMID 20929810.
  16. a b c d e f g h i et j Drosophila 12 Genomes Consortium; Eisen; Smith; Bergman; Oliver; Markow; Kaufman; Kellis; Gelbart; Iyer; Pollard; Sackton; Larracuente; Singh; Abad; Abt; Adryan; Aguade; Akashi; Anderson; Aquadro; Ardell; Arguello; Artieri; Barbash; Barker; Barsanti; Batterham; Batzoglou; Begun (2007). "Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny". Nature 450 (7167): 203–218.Bibcode : 2007Natur.450..203C. DOI 10.1038/nature06341. PMID 17994087.
  17. a b c d e f g et h (en) « Search », sur BCM-HGSC (consulté le ).
  18. Adams MD; Celniker SE; Holt RA et al. (March 2000)."The genome sequence of Drosophila melanogaster".Science 287 (5461): 2185–95.Bibcode : 2000Sci...287.2185.. DOI 10.1126/science.287.5461.2185. PMID 10731132.
  19. Richards S; Liu Y; Bettencourt BR et al. (January 2005)."Comparative genome sequencing of Drosophila pseudoobscura: Chromosomal, gene, and cis-element evolution". Genome Research 15 (1): 1–18.DOI 10.1101/gr.3059305. PMC 540289. PMID 15632085.
  20. « genomics.princeton.edu/Andolfa… »(Archive.orgWikiwixArchive.isGoogleQue faire ?).
  21. Lemke, Steffen; Antonopoulos, Dionysios A; Meyer, Folker; Domanus, Marc H; Schmidt-Ott, Urs (2011). "BMP signaling components in embryonic transcriptomes of the hover fly Episyrphus balteatus (Syrphidae)". BMC Genomics 12: 278. DOI 10.1186/1471-2164-12-278.
  22. Jiménez-Guri, Eva; Huerta-Cepas, Jaime; Cozzuto, Luca; Wotton, Karl R; Kang, Hui; Himmelbauer, Heinz; Roma, Guglielmo; Gabaldón, Toni; Jaeger, Johannes (2013). "Comparative transcriptomics of early dipteran development". BMC Genomics 14: 123. DOI 10.1186/1471-2164-14-123.
  23. International Aphid Genomics Consortium (2010). Eisen, Jonathan A, ed. "Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum". PLOS Biology 8 (2): e1000313. DOI 10.1371/journal.pbio.1000313.PMC 2826372. PMID 20186266.
  24. Nygaard S; Zhang G; Schiott M et al. (2011). "The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatiorsuggests key adaptations to advanced social life and fungus farming". Genome Research 21 (8): 1339–1348.DOI 10.1101/gr.121392.111. PMC 3149500. PMID 21719571.
  25. "Suen G; Teiling C; Li L et al. (2011). Copenhaver, Gregory, ed. "The genome sequence of the leaf-cutter ant Atta cephalotes reveals insights into its obligate symbiotic lifestyle". PLOS Genetics 7 (2): e1002007. DOI 10.1371/journal.pgen.1002007. PMC 3037820. PMID 21347285.
  26. a et b Bonasio R; Zhang G; Ye C et al. (August 27, 2010). "Genomic comparison of the ants Camponotus floridanus and Harpegnathos saltator". Science 329 (5995): 1068–1071. Bibcode : 2010Sci...329.1068B. DOI 10.1126/science.1192428. PMID 20798317.
  27. Smith CD; Zimin A; Holt C et al. (2011). "Draft genome of the globally widespread and invasive Argentine ant (Linepithema humile)". PNAS 108 (14): 5673–5678.Bibcode : 2011PNAS..108.5673S. DOI 10.1073/pnas.1008617108. PMC 3078359. PMID 21282631.
  28. Wurm Y; Wang J; Riba-Grognuz O et al. (2011). "The genome of the fire ant Solenopsis invicta". PNAS 108 (14): 5679–5684. Bibcode : 2011PNAS..108.5679W. DOI 10.1073/pnas.1009690108. PMC 3078418. PMID 21282665.
  29. Smith CR; Smith CD; Robertson HM et al. (2011)."Draft genome of the red harvester ant Pogonomyrmex barbatus". PNAS 108 (14): 5667–5672.Bibcode : 2011PNAS..108.5667S. DOI 10.1073/pnas.1007901108. PMC 3078412. PMID 21282651.
  30. Honeybee Genome Sequencing Consortium; Weinstock; Robinson; Gibbs; Weinstock; Weinstock; Robinson; Worley; Evans; Maleszka; Robertson; Weaver; Beye; Bork; Elsik; Evans; Hartfelder; Hunt; Robertson; Robinson; Maleszka; Weinstock; Worley; Zdobnov; Hartfelder; Amdam; Bitondi; Collins; Cristino; Evans (October 2006). "Insights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera". Nature 443(7114): 931–49. Bibcode : 2006Natur.443..931T. DOI 10.1038/nature05260. PMC 2048586. PMID 17073008.
  31. a b et c Werren JH; Richards S; Desjardins CA et al. (January 15, 2010). "Functional and evolutionary insights from the genomes of three parasitoid Nasonia species". Science327 (5963): 343–348. Bibcode : 2010Sci...327..343.. DOI 10.1126/science.1178028. PMC 2849982. PMID 20075255.
  32. Mita K; Kasahara M; Sasaki S et al. (February 2004)."The genome sequence of silkworm, Bombyx mori". DNA Research 11 (1): 27–35. doi:10.1093/dnares/11.1.27.PMID 15141943.
  33. Zhan, S., Merlin, C., Boore, J.L (2011). "The monarch butterfly genome yields insights into long-distance migration". Cell 147 (5): 1171–1185.DOI 10.1016/j.cell.2011.09.052. PMC 3225893. PMID 22118469.
  34. You M.; Yue Z.; He W. (2013). "A heterozygous moth genome provides insights into herbivory and detoxification". Nature Genetics 45 (2): 220–225.DOI 10.1038/ng.2524. PMID 23313953.
  35. Kirkness EF et al. (June 2010). "Genome sequences of the human body louse and its primary endosymbiont provide insights into the permanent parasitic lifestyle".PNAS 107 (27): 12168–12173.Bibcode : 2010PNAS..10712168K. DOI 10.1073/pnas.1003379107. PMC 2901460. PMID 20566863.
  36. (en) Dario Riccardo Valenzano, Bérénice A. Benayoun, Param Priya Singh, Elisa Zhang, Paul D. Etter, Chi-Kuo Hu, Mathieu Clément-Ziza, David Willemsen, Rongfeng Cui, Itamar Harel, Ben E. Machado, Muh-Ching Yee, Sabrina C. Sharp, Carlos D. Bustamante, Andreas Beyer, Eric A. Johnson and Anne Brunet, « The African Turquoise Killifish Genome Provides Insights into Evolution and Genetic Architecture of Lifespan », Cell,‎
  37. a b c d et e [1]
  38. Hervé Morin, « La vache sans secret pour l'homme », Le Monde,‎ (lire en ligne).
  39. (en) http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143708.htm

Voir aussi

Bibliographie

Articles connexes