La Maddalena se trouve dans la région historique de Gallura.
En 1803 l'amiral Horatio Nelson, au cours de sa campagne en Méditerranée visant à assurer le blocus de Toulon, fit relâcher son escadre dans la Rada di Mezzo Schifo, une baie de la côte sarde couverte au nord par l'archipel de La Maddalena. En 1887, le rôle de La Maddalena est officialisé comme fort militaire et une base navale est utilisée par les forces armées italiennes[2].
Le peuplement de La Maddalena est en majorité issue d'une immigration corse remontant aux XVIIe et XVIIIe siècles. Aussi le dialecte qui y est parlé est-il une forme de gallurese très proche des variantes méridionales de la langue corse, telles qu'elles sont parlées de l'autre côté des Bouches de Bonifacio.
Le territoire de la commune comprend la totalité de l'archipel de La Maddalena constitué par les îles : Barrettini, Barettinelli, Bisce, Budelli, Camizie, Cappuccini, Caprera, Chiesa, Colombo, Corcelli, Delle Bocche, Italiani, La Maddalena, Le Camere, Nibani, Monaci, Mortorio, Pecora, Piana, Porco, Porro, La Presa, Razzoli, Santa Maria, Santo Stefano, Soffi, Spargi, Spargiotto, Spargiottello.