Il est un des fils de Joseph Bouvard, plâtrier, et de Marie Magdelaine Rostaing.
Orphelin de père en 1843, sa mère se remarie en 1844 avec Gaspard Laurent, charron, à Vienne (Isère) où, de cette union, naît son demi-frère Florentin Laurent, entrepreneur de travaux public. Ce dernier recevra la Légion d'honneur des mains même de son frère Joseph-Antoine Bouvard le . Sa mère meurt à Vienne en 1853.
Il est l'élève de Hugues Quenin, architecte à Vienne.
Joseph Bouvard fut le collaborateur d'Adolphe Alphand (1817-1891), directeur des Travaux de la ville de Paris, et lui succéda. Il devient directeur administratif des services d'Architecture, des Promenades, des Plantations et Fêtes de la ville de Paris jusqu'en 1911. Il contribua aussi à bon nombre d'organisations d'expositions et de manifestations dans Paris en sus de l'Exposition universelle de 1889.
Il est le père de plusieurs enfants. Un de ses fils, Roger Bouvard, devint aussi architecte et son collaborateur à la ville de Paris
Il est nommé chevalier de la Légion d'honneur en 1878, promu officier en 1889, commandeur en 1897, et élevé au grade de grand officier en 1900[3].
1907 : il fait des propositions pour l'aménagement de Constantinople qu'il découvre avec son fils Roger Bouvard, aussi architecte. Il sera surnommé pour cela le « nouvel Haussmann d'Orient »[réf. nécessaire].
1907-1909 : plan d'urbanisme de la ville Buenos Aires (Argentine). « Les Argentins veulent que leur capitale Buenos-Aires, devienne en quelques mois, à l'occasion du Centenaire de l'Indépendance 1910, une des plus belles villes du monde. Il y a un réseau d'avenues à ouvrir, toute une série de monuments à édifier d'un coup de baguette. Il leur faut un magicien. C'est Mr Bouvard qu'ils appellent, […] et qui promet de faire ce miracle. »[8].
Bâtiments des Archives de la Seine, no 30 quai Henri-IV à Paris, en collaboration avec Félix Roguet.
Contribution à l'aménagement du Champ-de-Mars à Paris.
Pour son Monument à Alphand (1899), avenue Foch à Paris, Jules Dalou a donné les traits de Joseph Bouvard à figure de L'Architecte cantonnant le piédestal à senestre[10].
Stéphane Quantin, « Les Archives de l'ancien département de la Seine et de la Ville de Paris. À la recherche d'une architecture », L'histoire de l'architecture, n°10, Paris, 2005, pp.87-104.
Alexandre Marchand, L'aménagement du Champ de Mars entre 1900 et 1929, Mémoire de Master 2, Histoire de l'art contemporain, Université de Paris IV Sorbonne, 2006
(en) Roseli Maria Martins d'Elbou, « Joseph Bouvard and La construction Moderne : some notes of a career (1885-1920) », in 15th International Planning History Society Conference, 2012.