En 2000, après plusieurs années passées au sein de l’institution à diriger des enquêtes judiciaires tant au plan national qu’international, Jean-François Abgrall a ouvert une agence d’enquêtes privées. Plusieurs affaires criminelles auxquelles il a participé ont été médiatisées, comme celle des disparues de l’Yonne où il a permis de confondre Émile Louis, les enquêtes sur Francis Heaulme, conduisant notamment à la révision de l’affaire Dils ou encore celle relative aux éléments récemment découverts dans le dossier d’Edwige Alessandri et qui ont entraîné un complément d’enquête de la Cour de cassation, dernière étape avant la révision de son jugement. Parallèlement, Jean François Abgrall est régulièrement sollicité en qualité de consultant pour des films ou séries télévisées. Il est également l'auteur de films documentaires.[réf. souhaitée]
Documentaires
Dance with a Serial Killer (Danse avec un tueur en série) (diffusé sur la BBC One le ; Jean-François Abgrall y relate son enquête.
Publications
Dans la tête du tueur - sur les traces de Francis Heaulme, éditions Albin Michel, 2002 (ISBN222612232X) (livre traduit : Inside the Mind of a Killer (ISBN222612232X))
Inavouable vérité coécrit avec Dahina Le Guennan, éditions Albin Michel, 2006 (ISBN2226170855) (Dahina Le Guennan fut l'une des premières victimes de Michel Fourniret).