Il est reçu à l’Académie des sciences, arts et belles lettres de Dijon en 1802, et succède à Devosge comme professeur de dessin à l’École spéciale de peinture et de sculpture en 1812.
Il épouse M. Blanchot, fille d’un gardien du château de Dijon, en 1787. Leur fille, Aglaé Naigeon, épouse Jacques Masson, négociant, qui deviendra propriétaire du château de Gevrey-Chambertin.
Ses œuvres sont notamment conservées à Dijon au musée Magnin et au musée des Beaux-Arts, ainsi qu'au musée des Beaux-Arts de Nancy.
Orphée charmant Pluton et Proserpine aux Enfers, graphite, plume et encre brune, lavis gris, H. 0,454 ; L. 0,620 m[7]. Paris, Beaux-Arts de Paris[8]. Dans une composition très soignée et originale, Naigeon illustre le livre X des Métamorphoses d'Ovide. Orphée chante et émeut les monstres des Enfers en plaidant le retour à la vie d'Eurydice devant Pluton et Proserpine. Les contorsions des corps dessinés en raccourci sont inspirées du Jugement Dernier de Michel-Ange et la posture apollinienne d'Orphée, de la statuaire antique.
↑Sous la direction d’Emmanuelle Brugerolles, de l’alcôve aux barricades de Fragonard à David, Beaux-Arts de Paris les éditions, 2016, p.168-169, Cat. 55