Elle a en particulier dirigé la thèse de Pascale Barrère, sur la vie et l'œuvre du compositeur Éric-Paul Stekel, ancien directeur du Conservatoire de Grenoble, ainsi qu'une thèse sur la musicothérapie, intitulée La musique, source d'équilibre pour l'être humain et présentée par Susana Nasanovsky[4].
Elle a écrit de nombreux articles, ainsi que de nombreux ouvrages d'histoire de la musique.
Publications
L'Apparition du violon en France d'après l'iconographie, les traités et les théoriciens, par Janine Cizeron, 1978.
Le Violon dans la vie musicale à Lyon sous l'Ancien Régime, par Janine Cizeron, sous la direction d'Edith Weber, Paris, 1985.
La Musique comme art total au XXe siècle, sons, couleurs, formes, systémique et symbolique, par Françoise Roy-Gerboud, préface de Janine Cizeron, Paris, l'Harmattan, 2009.
Les Méthodes de violon françaises aux XIIe et XIIIe siècles, dans Itinéraires de la musique française: théorie, pédagogie et création, dirigé par Anne Penesco, 1996[5].
La Technique violonistique d'après les traités baroques, dans Défense et illustration de la virtuosité, dirigé par Anne Penesco, 1997[5].
« Musigraphies et mandalas sonores dans l'œuvre de Manfred Kelkel », dans Le Dessous des notes : voies vers l'ésosthétique, dirigé par Jean-Jacques Velly, 2001[5].
