1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 12 novembre 2020
Hernán Pérez débute en professionnel à seulement 16 ans au Tacuary FC, club paraguayen de Primera Division. En 2008, âgé de 19 ans, il rejoint l'un des grands clubs du pays, le Club Libertad. Toutefois il ne joue pas en équipe première, n'y faisait qu'une seule apparition en championnat.
Pour sa première saison en Espagne, il intègre la réserve de Villarreal qui évolue en Liga Adelante en deuxième division espagnole. Disputant 35 matchs de championnat, il s'impose rapidement comme une pièce maitresse de l'équipe.
Il fait sa première apparition en équipe première en 2011 lors d'un match de Ligue Europa.