Goukouni Oueddei est également le père de Fatimé Goukouni Oueddei qui est l'actuelle ministre des Transports et de la Sécurité routière depuis mai 2021 et le beau-père de l'actuel président Mahamat Idriss Déby.
Il est l'un des responsables de la détention de plusieurs ressortissants européens, dont l'ethnologue Françoise Claustre entre 1974 et 1977, et de l'exécution de l'émissaire envoyé par le gouvernement français pour négocier leur libération, le commandant Galopin.
Après les accords I et II de Kano (mars et ) et de Lagos (), un gouvernement d'union nationale de transition (GUNT) est créé, avec à sa tête Oueddei[1], qui devient ainsi officiellement chef de l'État, d'abord du au , puis à nouveau du au . Goukouni Oueddei est accompagné du général Kamougué, à la vice-présidence, et d'Hissène Habré, au ministère de la Défense[1].
En , Habré rompt avec le GUNT et s'empare de N'Djaména. Avec l'appui des forces libyennes, Oueddei parvient à le repousser hors de la capitale. En , il annonce à Tripoli la fusion de son pays avec la Libye, suscitant la réprobation internationale, et particulièrement française[1]. En , Hissène Habré, désormais soutenu par la France et les États-Unis, qui considèrent dorénavant le conflit tchadien comme enjeu de la guerre froide, renverse Oueddei[1].
Il anime le GUNT, gouvernement de l'opposition à la dictature d'Hissène Habré, tout au long des années 1980. En 1983, les progrès du GUNT conduisent à l'opération Manta de l'armée française, en soutien à Habré[1]. Trois ans plus tard, une nouvelle offensive conjointe de la Libye et du GUNT suscite une nouvelle réaction de la France, avec l'opération Épervier[1]. En 1987, Oueddei s'exile à Alger. Le , après 22 ans d'exil, il annonce son retour au Tchad[2].
Années 2020
Il publie Combattant, une vie pour le Tchad en 2019 aux éditions Espaces & Signes à Paris, livre qui retrace, en près de 600 pages, l'histoire du Tchad de 1958 à 1991, à travers son parcours personnel : de ses débuts dans la fonction publique tchadienne jusqu'à son exil en Algérie, en passant par l'entrée en rébellion, la lutte du FROLINAT, les rivalités avec Hissène Habré, les rapports houleux avec Kadhafi et avec la France, son arrivée à la tête de l'État, etc.
(*) Président par intérim (**) Président du Gouvernement d'union nationale de transition (***) Président de la République, président du Conseil militaire de transition