En 1949, il rentre en Espagne et commence à travailler comme professeur dans le département des Installations de l'ETSAM. Parmi ses premières réalisations, on retrouve des logements du quartier de Fuencarral, à Madrid, en 1958, et de celui de Batán en 1960. En 1968, il obtient la chaire de Projets de la même académie et en est le directeur de 1981 à 1983. Après avoir pris sa retraite, il reste professeur émérite de l'Académie.
Parallèlement à sa carrière académique, il possède sa propre étude d'architecte et collabore avec Manuel Cabeñes et avec Romany, notamment pour la construction de logements sociaux.
1961-1969 : bâtiment Torres Blancas (« tours blanches »), à Madrid ; il s'agit d'une tour de 71 m, unique malgré son nom au pluriel, constituée de plusieurs cylindres arrangés de manière irrégulière ;
1971-1978 : tour de la Banque de Bilbao, édifice de 107 m présentant des façades d'acier et de verre, situé dans le complexe financier et commercial AZCA de Madrid ;
↑(es) Juan Carlos Ier et Javier Solana Madariaga, « REAL DECRETO 1688/1987 de 30 de diciembre por el que se concede la Medalla al mérito en las Bellas Artes en su categoria de Oro a las personas que se citan », Boletin de Estado, Madrid, no 158, , p. 34661 (lire en ligne).
Javier Sáenz de Oiza, Antón Capitel et Javier Sáenz Guerra, Javier Sáenz de Oiza, arquitecto, Éditions Pronaos SA, Madrid, 1996. (ISBN84-85941-28-4)
(es) Rosario Alberdi Jiménez et Javier Sáenz Guerra, Francisco Javier Sáenz de Oíza, arquitecto: libro-estudio, Madrid, Ediciones Pronaos, (ISBN8485941322)
Rosario Alberdi Jiménez, Cinco proyectos de vivienda social en la obra de Javier Sáenz de Oiza, Éditions Pronaos SA, Madrid, 1996. (ISBN84-85941-24-1)
Juan Daniel Fullaondo Errazu, La bicicleta aproximativa: conversaciones en torno a Sáenz de Oiza, Kain Editorial, Madrid, 1991. (ISBN84-87828-00-0)
Francisco Javier Sáenz de Oiza 1947-1988, El Croquis, El Escorial, 2002. (ISBN84-88386-24-9)
Federico Climent Guimerá et Jaume Carbonero Malbertí, J. Sáenz de Oiza: Mallorca, 1960-2000, proyectos y obras, José J. de Olañeta éditeur, Palma de Mallorca, 2001. (ISBN84-7651-978-8)