À l'âge de 66 ans, il succombe brusquement à une crise cardiaque le à Munich. Ses restes reposent dans la cathédrale de cette ville. Son successeur est Michael von Faulhaber.
Œuvres
(de) Ostergruss den bayerischen Soldaten im Felde gewidmet vom Feldprobst der bayerischen Armee im Kriege, Regensburg, 1915
(de) M. Buchberger, Im Purpur bei den Feldgrauen : Bericht uber den Besuch Sr. Eminenz des Kardinals Franziskus von Bettinger bei den bayerischen Truppen, J. Kösel, Munich, 1917, XII-77 p.
(de) Hans-Jörg Nesner, Das Erzbistum München und Freising zur Zeit des Erzbischofs und Kardinals Franziskus von Bettinger, EOS-Verlag, St. Ottilien, 1987