Parallèlement à des études de droit (Paris II) et de sciences politiques (Sciences-Po Paris, 1986), François Jonquet a suivi l’enseignement du Cours Simon dans la classe de la comédienne Françoise Engel-Piat.
Parallèlement, dans les mêmes journaux, il a écrit sur l’art. Il fut responsable des pages art contemporain de Nova Magazine (1997-2004). Depuis 2005, il collabore à artpress. Il est membre de l’Association internationale des critiques d'art (AICA).
En 1993, François Jonquet rencontre les artistes britanniques Gilbert & George. Il va imaginer une monographie en forme d’interviews[6]. Publié par Denoël en 2004[7],[8],[9],[10],[11], le livre connaîtra un succès international grâce à son édition anglaise chez Phaidon (2005). Il est consultable un peu partout dans les bibliothèques[12].
Il est disponible dans sa version de poche dans la collection Les Cahiers rouges, Grasset (2016)[13].
En 2000, il renoue avec une connaissance de jeunesse, Jenny Bel'Air, qu’il fréquentait lors de ses années de nightclubbing ; elle était l’une des physionomistes du Palace puis des Bains Douches. Née Alain Sepho, elle est une icône transgenre des années 1970 et 1980. François Jonquet publie l'année suivante sa biographie, un livre choral où, dans une première partie, 21 amis, connaissances (Pierre et Gilles, Bambou, Marie-France…) racontent leur « Jenny », puis dans une deuxième partie, c’est elle qui livre sa version de sa vie (Jenny Bel’Air, une créature, Éditions Pauvert, 2001)[14],[15]. Le livre est le destin d’une créature, intense témoignage d’une manière de revendiquer sa différence avec audace. Vingt ans après sa parution, en 2021, le livre connaît une deuxième vie avec sa parution en poche chez Points[16],[17]. Le livre sera finaliste du prix Fémina 2001[18].
Avec Et me voici vivant, il témoigne d’un plongeon dans la folie. Livre sélectionné par le Prix de Flore 2006[19].
En 2007, autre rencontre marquante, celle de l’acteur Daniel Emilfork. François Jonquet fera le récit de l’ultime année de la vie de ce comédien de théâtre, cantonné au cinéma par son visage hors norme, principalement à des rôles de méchant (Sabine Wespieser Éditeur, 2008). Le livre sera finaliste du prix Fémina Essai 2007[20].
En 2014, il publie Les Vrais Paradis, un roman initiatique qui se déroule de 1979 à 1984 au Palace. Le livre figure dans Désir de Nuit[21], anthologie de textes sur la nuit établie et présentée par Janine Mossuz-Lavau, Bouquins, février 2021[22].
En 2018, il publie aux Éditions du Seuil, Je veux brûler tout mon temps[23]. Il décrit son amitié avec l’actrice, activiste politique et fille du ministre Jack Lang, Valérie Lang, décédée à 47 ans[24],[25].
François Jonquet puise dans son expérience de critique d’art pour écrire dans De plomb et d’or[26], une satire du monde de l’art contemporain[27]. Dans ce roman initiatique l’auteur raconte l’irrésistible ascension d’un jeune homme, artiste par hasard, qui, après avoir reçu l’enseignement de Christian Boltanski aux Beaux-Arts devient une star du marché[28].
Gilbert & George, intimate conversations with François Jonquet, Phaidon, 2005 (ISBN9780714844350)
Gilbert & George : intime conversation avec François Jonquet, Denoël, 2004 (ISBN9782207254943) (repris en poche dans «Les Cahiers Rouges», Grasset (ISBN9782246860891))
Publications dans des ouvrages collectifs
Globe, les années tournantes : le meilleur du mensuel, 1985-1992, Points actuels, 1992 (ISBN9782020177443)
Paul P, Blue and Silver, Galerie Thaddaeus Ropac, 2007 (ISBN9782910055295)
↑« Dorothée Dussy, Capucine et Simon Johannin, François Jonquet, C.-F. Ramuz, Olga Tokarczuk… Une sélection de livres de poche », Le Monde.fr, (lire en ligne, consulté le )