Fernando Vallejo est né dans une famille bourgeoise et conservatrice. Son père, Aníbal Vallejo Álvarez fut avocat et directeur du journal conservateur El Poder. Il mena également une brillante carrière politique puisqu’il fut ministre des Travaux publics, sénateur, ministre du développement, membre de l’assemblée constituante de Colombie, secrétaire d’État et président du Directoire conservateur d’Antioquia.
Contrairement à son père, Fernando Vallejo rompt par son homosexualité avec tout déterminisme social et réussit le tour de force d'être à la fois la bête noire des conservateurs colombiens et de certains intellectuels de gauche qui croient voir en lui un réactionnaire alors que l'ensemble de son œuvre est anticonformiste, provocateur et polémique.
En littérature, il est l'auteur du cycle romanesque El río del tiempo, dont seul Le Feu secret (El fuego secreto), paru en 1987, a été traduit en français. Son roman le plus connu, le thrillerLa Vierge des tueurs (La virgen de los sicarios), publié en 1994, est adapté au cinéma, sur un scénario de Vallejo, par le réalisateur suisse Barbet Schroeder en 2000. De plus, Vallejo reçoit le prix Rómulo Gallegos en 2003 pour son roman Et nous irons tous en enfer (El desbarrancadero).
Les thématiques principales de ses œuvres sont la violence, la mémoire, l'histoire de la Colombie et l'homosexualité. Oscillant sans cesse entre pessimisme, nostalgie et humour, son narrateur adopte généralement un ton imprécatoire.
Publié en français sous le titre Le Feu secret, traduit par Michel Bibard, Paris, Belfond, coll. « Littérature étrangère », 1999 (ISBN2-7144-3581-5) ; réédition, Paris, LGF, coll. « Le Livre de poche », no 14803, 2000 (ISBN2-253-14803-2)
Los caminos a Roma (Les chemins à Rome) (1988)
Años de indulgencia (Les années d'indulgence) (1989)
Entre fantasmas (1993)
Autres romans
La virgen de los sicarios (1994)
Publié en français sous le titre La Vierge des tueurs, traduit par Michel Bibard, Paris, Belfond, 1997 (ISBN2-7144-3411-8) ; réédition, Paris, LGF, coll. « Le Livre de poche », no 14681, 1999 (ISBN2-253-14681-1)
Publié en français sous le titre Et nous irons tous en enfer, traduit par Gabriel Iaculli, Paris/Monaco, Éditions du Rocher, coll. « Littérature », 2002 (ISBN2-268-04444-0) ; réédition, Monaco/Paris, Le Serpent à plumes, coll. « Motifs » no 238, 2005 (ISBN2-268-05664-3)
La rambla paralela (2002)
Publié en français sous le titre La rambla paralela, traduit par Michel Bibard, Paris, Belfond, coll. « Littérature étrangère », 2004 (ISBN2-7144-4024-X)
Mi hermano el alcalde (2004)
Publié en français sous le titre Carlitos qui êtes aux cieux, traduction de Jean-Marie Saint-Lu, Paris, Belfond, coll. « Littérature étrangère », 2007 (ISBN978-2-7144-4148-5)
El don de la vida (2010)
Casablanca la bella (2013)
¡Llegaron! (2015)
Essais
La tautología darwinista (La tautologie de Darwin) (1998)
Jacques Joset, La muerte y la gramática. Los derroteros de Fernando Vallejo, Bogotá-Madrid-México-Buenos Aires, Taurus ("Pensamiento"), 2010, 211 p.
Lionel Souquet, "Ligne de fuite néo-picaresque dans l’autofiction hispano-américaine : Arenas, Copi, Lemebel, Vallejo", in Hommage à Milagros Ezquerro, Théorie et fiction, México / París, RILMA 2 / ADEHL, 2009, p. 601-622.
Lionel Souquet, "Fernando Vallejo : Familles, je vous hais ! El desbarrancadero (2001), Mi hermano el alcalde (2004), El don de la vida (2010)", numéro spécial des Langues Néo-latines coordonné par Dorita Nouhaud, Le roman hispano-américain au XXIe siècle, 2 : Des airs de famille, n° 356, , p. 45-65.
Lionel Souquet, "Néo-picaresque, (néo)réalisme et faillite de l’humanisme : Los olvidados de Buñuel et La virgen de los sicarios de Vallejo, de la modernité à la postmodernité", Les Langues Néo-Latines : Colloque Concours 2012, 105e année, 4, n° 359, , p. 117-156.
Lionel Souquet, "Échec et mat ! Constat d’échec et imprécation contre le triomphalisme du storytelling chez Fernando Vallejo", L'échec dans la littérature hispano-américaine, sous la direction de Nathalie Besse (colloque des 25-), revue reCHERches, n° 8, Université de Strasbourg, printemps 2012, p. 13-25.
Lionel Souquet, « Je est l’Autre : archéologie de la construction identitaire et artistique de Reinaldo Arenas et de Fernando Vallejo », Amadis, n° 10 : "L’autre", Brest, Université de Bretagne Occidentale, , p. 159-183.