Après l'exécution de Saddam Hussein le , Ezzat Ibrahim Al-Douri prend sa succession en tant que secrétaire général du Parti Baas irakien et officialise le même jour la création de l'Armée des hommes de la Naqshbandiyya (JRTN), mouvement armé baasiste et soufi. Le , Al-Douri fonde le Commandement suprême pour le djihad et la libération(en), une vaste alliance regroupant 55 factions armées irakiennes, dont la JRTN est la plus importante. Cette alliance rassemble des idéologies diverses, dont des nationalistes et des islamistes. Pour le Parti Baas, Ezzat Ibrahim Al-Douri devient « Cheikh des Moudjahidines et Commandant de la Résistance »[6].
Selon une rumeur, il serait mort d'une leucémie, le . Cette rumeur est démentie peu après et Al-Douri refait surface par l'intermédiaire d'un discours diffusé sur Internet le à l'occasion du 65e anniversaire du parti Baas[7].
En 2014, Ezzat Ibrahim al-Douri et son Armée de la Naqshbandiyya s'allient avec l'État islamique malgré les grandes différences idéologiques qui opposent ces deux mouvements[2]. Cette alliance sunnite effectuée pour des raisons tactiques n'empêche d'ailleurs pas des affrontements sanglants occasionnels[8]. Après la prise de Mossoul, le , des combattants de la JRTN affichent les portraits de Saddam Hussein et d'Ezzat Ibrahim Al-Douri à l'entrée de la ville[9]. Cependant par la suite, les djihadistes exigent que ces portraits soient retirés. Le , deux hommes de la JRTN sont abattus par des hommes de l'EIIL pour avoir refusé d'exécuter cet ordre[10].
Le , le gouvernement irakien affirme qu'Ezzat Ibrahim al-Douri a été tué lors d'une opération militaire menée par les milices chiites et les forces gouvernementales près de Tikrit. Lors de ce discours, le gouverneur de la province irakienne de Salah ad-Din présente al-Douri comme le « Cerveau de l'État Islamique en Irak »[11]. Selon lui l'opération a été menée dans les montagnes d'Hamrine, près d'Al-Alam à quatre kilomètres à l'est de Tikrit, et s'est achevée par la mort de 12 insurgés, dont al-Douri[12],[4]. L'annonce de sa mort est démentie par le Parti Baas irakien[13]. Le , le ministère irakien de la Santé affirme ne pas disposer des échantillons d'ADN nécessaires pour confirmer sa mort[14]. Le , un enregistrement audio est diffusé dans lequel al-Douri dément l'annonce de sa mort et affirme qu'il s'oppose à l'État islamique, qu'il désigne notamment sous le terme péjoratif de « Daech »[15],[16],[17].
Dans Opération Némésis\K (ISBN979-1031013602) de Christophe Corvaisier, le personnage central d'al-Kouri a largement été inspiré par Ibrahim al-Douri, son quasi homonyme.