Les Excavata (Excavés, ce qui signifie creusés) ou Excavobionta sont un infra-règne d'eucaryotes unicellulaires hétérotrophes et généralement flagellés. Le type ancestral se caractérise par la présence d'une zone creusée, le cytostome, permettant l'ingestion de fines particules alimentaires. De nombreux excavates sont anaérobies ou microaérophile et contiennent des organites particuliers et spécialisés : les mitosomes et les hydrogénosomes, ex. : Diplomonade
De nombreux Excavobiontes sont des parasites de l'homme ou d'autres animaux. ex. : Trypanosomes, Giardia
Certains possèdent des plastes (endosymbionte secondaire) et sont photosynthétiques : Euglénoides
Les excavés étaient inclus autrefois dans le règne aujourd'hui obsolète des Protista[1].
Ils sont classifiés selon leurs structures flagellaires[2] et ils sont considérés comme la lignèe la plus basale des flagellés[3].
En 2003 Alastair Simpson écrivait « Pour l'instant, il n'existe pas de système de taxonomie phylogénétique de haut niveau pour décrire les relations fortement étayées entre les « excavata »[2] ». La classification ci-dessous, étant sujette à modification, n'est dont donnée qu'à titre indicatif :
↑(en) T Cavalier-Smith, « The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 52, no 2, , p. 297–354 (PMID11931142, DOI10.1099/00207713-52-2-297, lire en ligne)
↑ a et b(en) AG Simpson, « Cytoskeletal organization, phylogenetic affinities and systematics in the contentious taxon Excavata (Eukaryota) », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 53, no Pt 6, , p. 1759–1777 (PMID14657103, DOI10.1099/ijs.0.02578-0)
↑(en) Scott C Dawson et Alexander R Paredez, « Alternative cytoskeletal landscapes: cytoskeletal novelty and evolution in basal excavate protists », Current Opinion in Cell Biology, vol. 25, no 1, , p. 134–141 (PMID23312067, PMCID4927265, DOI10.1016/j.ceb.2012.11.005)
↑(en) Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao et Rhodri Lewis, « 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 99, , p. 275–296 (PMID27001604, DOI10.1016/j.ympev.2016.03.023, lire en ligne)
↑ ab et cDerelle R, Torruella G, Klimeš V, Brinkmann H, Kim E, Vlček Č, Lang BF, Eliáš M, « Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root », Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 112, no 7, , E693–E699 (PMID25646484, PMCID4343179, DOI10.1073/pnas.1420657112)