Il étudie à l'université d'Amsterdam et devient collectionneur d'estampes tout en étant élève, en se spécialisant pour l'histoire de sa ville natale[2]. Pour simplifier ses recherches, il devient en 1885 volontaire à la société de ventes aux enchères de Frederik Muller[3].
En 1896, il publie son premier ouvrage sur l'histoire de l'industrie de l'édition à Amsterdam, Iconographia Batava. Ce guide, qui se veut contenir la liste exhaustive des portraits de personnalités amsteldamoises, est publié par Frederik Muller & Co. En 1898, il commence à travailler comme assistant de Philip van der Kellen au Rijksmuseum Amsterdam, dont il devient le directeur du cabinet des estampes en 1903 et jusqu'à sa mort[3].
De 1907 à 1911, il est membre de Teylers Tweede Genootschap. Il a travaillé avec Abraham Bredius à la revue Oud Holland, où Bredius a écrit sa nécrologie[4]
Ernst Wilhelm Moes meurt dans sa ville natale le [1].