Noto demande l'érection d'un diocèse à plusieurs reprises au cours de son histoire, une demande est faite le 14 juin1433 au pape Eugène IV et encore le 22 janvier1450 à Nicolas V. D'autres initiatives ont lieu en 1594 et en 1609. L'obstacle à la réalisation de ce désir étant l'opposition des évêques de Syracuse. La naissance du diocèse de Noto fait partie du projet d'extension des diocèses siciliens décidé par le parlement de Sicile et présenté au roi Ferdinand III le 5 avril1778. Le roi, favorable au projet, confie la tâche à la députation du Royaume d'étudier la possibilité de le réaliser mais ce dessein est interrompu lors de la Révolution française et repris par le parlement sicilien le 24 mars1802 lorsqu'une nouvelle demande est présentée pour la réorganisation des diocèses siciliens, toujours accueillie favorablement par le même roi mais qui a pris le nom de Ferdinand Ier après la création du royaume des Deux-Siciles.
L'opposition à la création du nouveau diocèse vient principalement des archevêques de Syracuse. En 1840, à la suite de la mort de Mgr Giuseppe Amorelli laissant le siège épiscopal vacant, le roi Ferdinand II, en profite demander au Saint-Siège d'ériger le diocèse de Noto. Le diocèse est érigé le 15 mai1844 par le pape Grégoire XVI par la bulleGravissimum sane munus en prenant une portion du territoire du diocèse de Syracuse.
Les premiers évêques s'impliquent dans l'organisation du nouveau diocèse par l'acquisition des principales structures diocésaines, l'inauguration de nouveaux bâtiments ecclésiastiques, sur la catéchèse, sur la formation des laïcs, sur l'alphabétisation, sur la connaissance et l'unification du diocèse avec des visites pastorales". En 1851, le séminaire est fondé par Mgr Naselli, tandis qu'en 1855, l'évêque Mario Giuseppe Mirone acquiert une partie du Palazzo Trigona Cannicarao comme siège épiscopal. D'autres évêques apportent leurs pierres à l'organisation du diocèse : Mgr Giovanni Blandini (1875-1913) confie la direction du séminaire aux jésuites puis aux lazaristes ; Mgr Giuseppe Vizzini (1913-1935) assume directement la direction du séminaire et organise le premier synode diocésain en 1923. En 1950, avec l'érection du diocèse de Raguse, Noto risque la suppression mais une réorganisation territoriale arrange les choses.