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En 2000, il rencontre le chorégraphe Sidi Larbi Cherkaoui[1], au sein des Ballets C de la B, avec lequel dès lors il travaillera en étroite collaboration pour la création de ses spectacles, comme danseur mais également sur les aspects de la dramaturgie, de la mise en scène et de la musique[2],[1]. En effet, Damien Jalet a également une formation d'ethnomusicologue et étudié les musiques polyphoniques italiennes auprès de Giovanna Marini et Christine Leboutte. Une partie importante des spectacles de Sidi Larbi Cherkaoui utilisent, sous l'impulsion de Damien Jalet, le plain-chant et les chants polyphoniques du monde, créant le contraste avec la danse contemporaine[1]. Il cosigne avec lui le spectacle D'avant (2002) en collaboration avec Juan Kruz Diaz de Garaio Esnaola et Luc Dunberry pour la Schaubuhne de Berlin. En 2010, ils chorégraphient Babel (Words) qui fut récompensé l'année suivante de deux Laurence Olivier Awards et du Benois de la danse dans la catégorie « meilleure chorégraphie »[3].
En 2014, il signe la chorégraphie Yama, une pièce écrite pour le Scottish Dance Theater, avec un scénographie du plasticien américain Jim Hodges et une composition originale du groupe Winter Family. Il écrit également le solo Inked pour le danseur de kathak Aakash Odedra.
En 2015, il signe Gravity Fatigue un spectacle dirigé par le styliste Hussein Chalayan au Sadler's Wells Theatre à Londres. L'année suivante il crée Thr(o)ugh pour le Hessiches Staatballet – qui reçoit en Allemagne une nomination pour meilleure chorégraphie aux Faust Awards –, puis Vessel, fruit de six mois de collaboration avec le plasticien japonais Kohei Nawa au Theatre Rhom de Kyoto ; le spectacle est également présenté un plein sur l'île d'Inujima, faisant partie du site d'art de Naoshima.
En 2017 il devient artiste associé au Théâtre national de Bretagne et signe la chorégraphie Skid dansée par dix-sept danseurs sur un petit plateau de 10 m2 incliné à 34 degrés. L'année suivante, il crée Omphalos pour la compagnie mexicaine Ceprodac.
Damien Jalet a également collaboré avec le metteur en scène Arthur Nauzyciel, dont il a signé la chorégraphie des pièces Red Waters (opéra signé par Lady and Bird, 2011), L'Image (2006), Julius Caesar (2008), Ordet (2008 au Festival d'Avignon) et le Musée de la mer (2009) première adaptation de la pièce de Marie Darrieussecq dans laquelle il joue le rôle de Bella[11].
En 2008, Damien Jalet codirige avec le photographe et vidéaste anglais Nick Knight et le styliste allemand Bernhard Willhelm la vidéo Men in Tights. Il chorégraphie et danse également dans les vidéoclips You Don't Know Love du groupe rock anglais Editors, Surrender d'Ólöf Arnalds en duo avec Björk.