La frontière d'origine du comté couvrait une vaste zone entre les rivières Mackinaw et Ohio. En 1801, le gouverneur William Henry Harrison a rétabli le comté de St. Clair dans le cadre du territoire de l'Indiana, étendant sa frontière nord au lac Supérieur et la frontière internationale avec la Terre de Rupert.
Lorsque le territoire de l'Illinois a été créé en 1809, le secrétaire territorial Nathaniel Pope, en sa qualité de gouverneur par intérim, a publié une proclamation établissant St. Clair et le comté de Randolph comme les deux premiers comtés de l'Illinois.