fr Caenorhabditis

Classification
Règne	Animalia
Embranchement	Nematoda
Classe	Secernentea
Ordre	Rhabditida
Famille	Rhabditidae

Caenorhabditis est un genre de nématodes vivant dans des environnements riches en bactéries. Il contient l’organisme modèle Caenorhabditis elegans, ainsi que de nombreuses autres espèces dont le génome a été séquencé.

Le nom est formé des deux racines grecques caeno- (καινός (caenos), récent), et rhabditis (ῥάβδος (rhabdos), tige, bâton).

Liste d'espèces

Selon NCBI (30 octobre 2019)^[2], le genre appartient à la sous-famille des Peloderinae avec les genres Pellioditis et Pelodera, et comprend les espèces suivantes :

autres espèces de Caenorhabditis non nommées :

Selon ITIS (27 mars 2011)^[3] :

Génétique

Liste des espèces séquencées

Caenorhabditis brenneri - génome séquencé
Caenorhabditis briggsae - génome séquencé en 2003^[4]
Caenorhabditis elegans - génome séquencé en 1998^[5]
Caenorhabditis japonica - génome séquencé
Caenorhabditis remanei - génome séquencé

Études phylogénétiques

Cladogramme des espèces de Caenorhabditis selon Félix et al. (avril 2014)

Caenorhabditis

Elegans

C. inopinata

C. sp. 35

Elegans

	C. briggsae

	C. nigoni

C. sinica

	C. latens

	C. remanei

	C. wallacei

	C. tropicalis

	C. brenneri

	C. doughertyi

C. elegans

Japonica

	C. nouraguensis

	C. yunquensis

C. macrosperma

	C. afra

	C. imperialis

C. japonica

C. kamaaina

Drosophilae

	C. drosophilae

	C. sp. 2

	C. angaria

	C. castelli

C. sp. 8

	C. portoensis

	C. virilis

C. guadeloupensis

	C. monodelphis

	C. plicata

Cladogramme des espèces de Caenorhabditis, basé sur la comparaison de séquences de l'"Internal transcribed spacer", une portion d'ADN située entre les gènes de la petite et de la grande sous-unité de l'ARN.

Une étude phylogénétique réalisée en 2014 révèle la présence de deux super-groupes, 'Elegans' et 'Drosophilae et de deux groupes ('Elegans' et 'Japonica') au sein du super-groupe 'Elegans'. Cette étude révèle aussi que C. nigoni est l'espèce-sœur de C. briggsae tandis que C. elegans est seul, basal dans le groupe 'Elegans'^[6].

Une autre étude de 2019 ajoute C. inopinata comme espèce la plus proche de C. elegans. Elle révèle aussi que C. monodelphis est l'espèce la plus basale dans l'arbre phylogénétique^[7].

Notes et références

↑ (de) Osche, G., 1952. « Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda) ». Zoologische Jahrbücher (Abt. 1), 81, p. 190–280.
↑ NCBI, consulté le 30 octobre 2019
↑ Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 27 mars 2011
↑ (en) Stein, L. D. et al., « The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics », PLoS Biology, vol. 1, n^o 2,‎ 2003, p. 166–192 (PMID 14624247, PMCID 261899, DOI 10.1371/journal.pbio.0000045, lire en ligne)
↑ (en) The C. elegans Sequencing Consortium, « Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology », Science, vol. 282,‎ 1998, p. 2012–2018 (DOI 10.1126/science.282.5396.2012, lire en ligne)
↑ (en) Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (April 11, 2014). "A Streamlined System for Species Diagnosis in Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) with Name Designations for 15 Distinct Biological Species". PLOS ONE. 9: e94723. DOI 10.1371/journal.pone.0094723
↑ (en) Comparative genomics of 10 new Caenorhabditis species. Lewis Stevens, Marie‐Anne Félix, Toni Beltran, Christian Braendle, Carlos Caurcel, Sarah Fausett, David Fitch, Lise Frézal, Charlie Gosse and Taniya Kaur, Evolution Letters, Volume3, Issue2, April 2019, Pages 217-236, DOI 10.1002/evl3.110.

Liens externes

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Caenorhabditis, sur Wikispecies

(en) Référence Catalogue of Life : Caenorhabditis Osche, 1952 (consulté le 8 avril 2023)
(en) Référence Fauna Europaea : Caenorhabditis
(fr + en) Référence ITIS : Caenorhabditis
(en) Référence Animal Diversity Web : Caenorhabditis
(en) Référence NCBI : Caenorhabditis (taxons inclus)

Portail de la zoologie

[1] (de) Osche, G., 1952. « Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda) ». Zoologische Jahrbücher (Abt. 1), 81, p. 190–280.

[NCBI30_octobre_2019-2] NCBI, consulté le 30 octobre 2019

[ITIS27_mars_2011-3] Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 27 mars 2011

[4] (en) Stein, L. D. et al., « The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics », PLoS Biology, vol. 1, n^o 2,‎ 2003, p. 166–192 (PMID 14624247, PMCID 261899, DOI 10.1371/journal.pbio.0000045, lire en ligne)

[5] (en) The C. elegans Sequencing Consortium, « Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology », Science, vol. 282,‎ 1998, p. 2012–2018 (DOI 10.1126/science.282.5396.2012, lire en ligne)

[6] (en) Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (April 11, 2014). "A Streamlined System for Species Diagnosis in Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) with Name Designations for 15 Distinct Biological Species". PLOS ONE. 9: e94723. DOI 10.1371/journal.pone.0094723

[7] (en) Comparative genomics of 10 new Caenorhabditis species. Lewis Stevens, Marie‐Anne Félix, Toni Beltran, Christian Braendle, Carlos Caurcel, Sarah Fausett, David Fitch, Lise Frézal, Charlie Gosse and Taniya Kaur, Evolution Letters, Volume3, Issue2, April 2019, Pages 217-236, DOI 10.1002/evl3.110.

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