Il participe en tant que garçon jardinier à l'expédition vers les Terres australes que commanda Nicolas Baudin au départ du Havre à compter du . Il embarque à bord du Géographe. Le jeune homme avait une mauvaise orthographe et peu de connaissance en botanique au début; mais les annotations dans leurs journaux des différents savants et du commandant Baudin laissent entendre qu'il travaillait durement et qu'il avait de la bonne volonté à collecter le plus de plantes possible, plus même que le botaniste en chef Leschenault. Il les cataloguait avec soin. Il était en tant que garçon jardinier placé sous les ordres d'Anselme Riedlé (mort de dysenterie en ) avec trois autres jardiniers[6]. Leschenault est débarqué à Timor en pour cause de maladie. Guichenot est donc le seul spécialiste de botanique à avoir survécu à ce voyage d'exploration scientifique, au retour de l'expédition à Lorient en .
↑Jean-François Cagnet qui quitte l'expédition avec son maître André Michaux en mars 1801, Antoine Sautier qui meurt en mer le 15 novembre 1801, et Merlot, esclave africain né en 1786 acheté par Michaux aux États-Unis et qui débarque avec lui à l'île de France en mars 1801
Bibliographie
Nicolas Baudin, Mon voyage aux Terres australes, journal personnel du commandant Baudin, imprimerie nationale, 2000
Michel Jangoux, Les Zoologistes et botanistes qui accompagnèrent le capitaine Baudin aux Terres australes, The Baudin expedition 1800-1804, numéro spécial in "Australian Journal of French Studies", XLI, 2, 2004, p. 55-78.
(en) Nelson, E. Charles (1976), Antoine Guichenot and Adenanthos (Proteaceae) specimens collected during Baudin's Australian Expedition, 1801-1803, Journal of the Society for the Bibliography of Natural History 8 (1): 1–10.