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Son père, Horace-Bénédict Moquin est négociant et sa mère, Cécile-Euphémie Tandon, est la petite-fille d'André-Auguste Tandon, « le dernier troubadour[1]. »
Il commence à travailler comme simple copiste et caissier dans la maison de commerce Moquin-Tandon et compagnie. Il étudie notamment auprès du botaniste Michel Félix Dunal (1789-1856) et obtient son titre de docteur ès sciences le , puis de docteur en médecine le . Il est professeur de zoologie à l'Athénée de Marseille de 1829 à 1830, puis professeur d’histoire naturelle à la faculté des sciences de Toulouse de 1833 à 1838, puis professeur de botanique dans cette même faculté de 1838 à 1852 (il était directeur du jardin botanique depuis 1834). Enfin, il résigna ses fonctions toulousaines pour aller occuper la chaire d’histoire naturelle médicale à la faculté de médecine de Paris à partir de 1853.
Moquin-Tandon utilise plusieurs pseudonymes notamment pour réaliser des supercheries littéraires. Il fait paraître à Toulouse en 1836Carya magalonensis :
« Moquin-Tandon ne s’est pas contenté de simuler un manuscrit du commencement du XIVe siècle, de l’inventer, en langue romane, de parler le langage qu’on parlait alors à Montpellier ; mais, pour tromper encore la clairvoyance des critiques les plus éprouvés, il ne fit tirer son œuvre qu’à cinquante exemplaires, soigneusement numérotés. Il l’orna d’un fac-simile du manuscrit prétendu original, et lui-même lithographia, dora et coloria ces cinquante exemplaires[2]. »
L’illusion fut si complète que des spécialistes de la langue romane s’y trompèrent. Aujourd'hui, il est souvent considéré comme appartenant à la catégorie des « fous littéraires ». Augustin Pyrame de Candolle a fait de lui ce portrait[3] :
« M. Moquin qui se trouva avec Belanger[4] dans mon herbier est tout opposé à son caractère. C'est un homme actif, laborieux et qui a le travail facile. Il venait étudier les Chénopodées et familles voisines et a depuis publié sur cette famille une excellente monographie. Il a toute la vivacité languedocienne et nous amusa beaucoup en nous lisant un petit ouvrage de sa composition dans la langue des troubadours supposé trouvé à Maguelonne et assez bien fait dans le genre pour avoir pu tromper M. Rainouard[5]. »
Certains esprits portent des fleurs, d’autres des fruits ; celui de M. Moquin-Tandon produisait, avec une égale fécondité, les fleurs de la littérature et les fruits de la science.
Moquin-Tandon dirige la parution des deux volumes de Las Flors del gay saber... (Toulouse, 1841).
Éléments de tératologie végétale, ou Histoire abrégée des anomalies de l'organisation dans les végétaux (P.-J. Loss, Paris, 1841) — L’ouvrage est traduit en allemand par Johannes Conrad Schauer (1813-1848), Pflanzen-Teratologie, Lehre von dem regelwidrigen Wachsen und Bilden der Pflanzen (Haude et Spener, Berlin, 1842).
Histoire naturelle des mollusques terrestres et fluviatiles de France, contenant des études générales sur leur anatomie et leur physiologie et la description particulière des genres, des espèces et des variétés (trois volumes, J.-B. Baillière, Paris, 1855).
Éléments de zoologie médicale, contenant la description des animaux utiles à la médecine et des espèces nuisibles à l'homme, venimeuses ou parasites (J.-B. Baillière, Paris, 1860, réédité en 1862).
Éléments de botanique médicale, contenant la description des végétaux utiles à la médecine et des espèces nuisibles à l'homme (J.-B. Baillière, Paris, 1861, réédité en 1866) [1].
Sous le pseudonyme Alfred Frédol Le Monde de la mer (imprimerie de E. Martinet, Paris, 1863, réédité par L. Hachette, 1865, puis en 1866 et en 1881)[2] .
Un naturaliste à Paris réédité en 1999 par Sciences en situation, collection « Sens de l'histoire », 163 p. (ISBN2908965119)
Pierre Cabard et Bernard Chauvet (2003). L’Étymologie des noms d’oiseaux. Belin et Éveil Nature (Paris) : 589 p. (sa notice contient l’indication erronée que Moquin-Tandon accède à une chaire du Muséum national d'histoire naturelle alors qu’il s’agit d’une chaire à la faculté de médecine).
Benoît Dayrat (2003). Les Botanistes et la Flore de France, trois siècles de découvertes. Publications scientifiques du Muséum national d’histoire naturelle : 690 p.
Amédée Dechambre (1880). Dictionnaire encyclopédique des sciences médicales, deuxième série, tome neuvième. G. Masson (Paris).