Après la chute du régime fin 2001, à la suite de l'attaque américaine d'octobre-, le mollah Beradar parvient à s'échapper. Il aurait ensuite fait partie d’un petit groupe de chefs talibans prêt à un accord reconnaissant la nouvelle administration de Kaboul, mais les États-Unis ont rejeté cette initiative[9]. Il est nommé au conseil de direction taliban en 2003[8]. Il exerce alors également le commandement militaire de la guérilla[10]. Les mollahs Dadullah, Razzak et Akhtar Mohammad Osmani lui servent d'adjoints[11]. En 2006, il perd ce commandement, remplacé par Djalâlouddine Haqqani, même s'il demeure un important commandant talêb[12].
Leader de la Choura de Quetta, il était considéré comme le numéro deux des talibans lors de sa capture à Karachi (Pakistan) en février 2010, effectuée par une opération menée par la CIA, la centrale de renseignement américaine, et l’agence de renseignements pakistanaise, le l'ISI (les services pakistanais)[13],[14]. Il est remplacé par Akhtar Mohammad Mansour.
Il est libéré en octobre 2018 afin de permettre des discussions secrètes entre les talibans et les États-Unis[15].
Depuis 2020, il est le négociateur en chef des talibans pour les pourparlers entre les rebelles, les États-Unis et le gouvernement afghan. À ce titre, il rencontre le secrétaire d'État américainMike Pompeo à Doha (Qatar) le [15]. Des accords de paix sont alors signés, Zalmay Khalilzad signant pour les États-Unis, ainsi que le retrait des troupes américaines sous 14 mois[16].