2003 beendete er seinen Dienst in Deuringen und wurde Leiter der Studenten- und Hochschulseelsorge im Bistum. 2005 übernahm er zudem die Leitung des Referats für Kirchliche Verbände und Initiativen von Gläubigen (seit 2011 „Abteilung Verbände und Initiativen von Gläubigen“). 2006 bekam er von Papst Benedikt XVI. den Titel eines päpstlichen Ehrenkaplans verliehen. Von 2012 an war er zudem Landvolkseelsorger und Direktor der Katholischen Landvolkshochschule Wies.
Am 9. Juni 2020 wurde Wolfgang Hacker zum Dekan des Domkapitels gewählt, nachdem sein Vorgänger Bertram Meier nach seiner Bischofsernennung und -weihe aus dem Gremium ausgeschieden war.[2] Am 31. März 2021 gab Bischof Meier bekannt, dass er Hacker am 1. Juli desselben Jahres zu seinem Generalvikar bestimmen würde. Bis zu seinem Amtsantritt amtierte Hacker als Stellvertreter von Generalvikar Harald Heinrich.[3]
Schriften
Geheimnisvolle Existenz. Ein Beitrag zur Interpretation des Gesamtwerkes von M. Heidegger und K. Rahner. Dissertation, Augsburg 1993.