Gemeinsam mit fünf weiteren Ortschaften in der Provinz, die den Namen Villanueva in ihrem Titel tragen, wurde Villanueva del Algaidas im 18. Jahrhundert auf Initiative von Karl III. gegründet, um die Gebiete Andalusiens besser zu erschließen. Die Siedlung entstand um ein Franziskanerkloster. Es gibt in dem Ort aber auch Spuren, die sich bis in die Prähistorie zurückverfolgen lassen, darunter die Nekropole Los Alcaides.[2]
