Nach dem Schulbesuch in Warburg, Paderborn und Fulda studierte er in Zürich und wurde danach Sekundarlehrer in Rickenbach SZ am dortigen Lehrerseminar. Ab 1840 war er pädagogischer Schriftsteller in Zürich.
Ab 1850 wurde er nach Wien als Seminardirektor berufen. In dieser Funktion wirkte er an der Erneuerung des österreichischen Volksschulwesens, der Schaffung der realistischen Mittelschulen und in der Lehrerausbildung mit. Anfangs arbeitete er auch als Lehrer für deutsche Sprache und Literatur an der Vorschule des Polytechnikums, dann an der Oberrealschule Schottenfeld. Daraufhin wurde er Schulinspektor und Prüfungskommissar. Er wurde 1870 Direktor der Hauptnormalschule St. Anna in Wien und k. u. k. Professor.
Vernaleken gründete die erste Lehrerbildungsanstalt. Nach seiner Pensionierung 1877 wohnte er in Graz. Vernaleken war mit Jacob Grimm, Johann Ludwig Uhland und Johann Wurth befreundet.
Wirken
Neben seiner Arbeit als Pädagoge und Schulreformer sammelte er Sagen, Mythen, Märchen und Bräuche aus den Alpenländern, die er in zahlreichen Büchern publizierte. Zudem schrieb er zwei Grammatikbücher über die deutsche Sprache und gab ein dreibändiges Literaturbuch heraus.
Werke
Deutsche Sprachrichtigkeiten und Spracherkenntnisse: Zweifelhafte Fälle, unsichere Begriffe, dt. Personennamen u. brauchbare Fremdwörter in e. alfab. geord. Auswahl nach zuverlässigen Forschungen erl.; Wien: Pichler; 1900
Literaturbuch: dt. Lesebuch nebst d. Anfaengen d. Kunst- u. Litteraturgeschichte, Altertumskunde, Mythologie u. Poetik; 3 Bände; Wien: Braumueller, 1854–1857.
Alpensagen: Volksüberlieferungen aus der Schweiz, aus Vorarlberg, Kärnten, Steiermark, Salzburg, Ober- und Niederösterreich, Seidel, Wien, 1858 (Neuausg.Graz: Verl. für Sammler; 1993)
Mythen und Bräuche des Volkes in Österreich, als Beitrag zur deutschen Mythologie, Volksdichtung und Sittenkunde; Wien: Braumüller; 1859
Deutsche Syntax, 2 Bände, Braumüller, Wien 1861/63;
Österreichische Kinder- und Hausmärchen: treu nach mündlicher Überlieferung; Wien: Braumüller; 1864 (Neuauflage Hildesheim [u. a.]: Olms; 1980)
Über das Richtersetzen. In: MHVSt 32 (1884), 117–120.
Spiele und Reime der Kinder in Oesterreich / gesammelt und hrsg. von Th. Vernaleken und Frz. Branky. -Neue Ausg;.Wien: Sallmyer, 1876
Das deutsche Volksepos: nach Wesen, Inhalt und Geschichte, mit einer erläuterten Auswahl aus den Nibelungen und der Gudrun; Vernaleken, Theodor [Hrsg.]; Zürich: Meyer u. Zeller; 1846
Die Zweige des deutschen Volkes in Mitteleuropa; Graz: H. Wagner; 1898
Hauptgrundsätze aus der allgemeinen Unterrichtslehre: Nebst eingehenden Erörterungen über den Sprachunterricht in der Volks- und Bürgerschule; Wien: Beck’sche Univ. Buchhandlung; 1871
Formenlehre der deutschen Sprache; Wien: Seidel; 1856
Zur pädagogischen Lehrkunst: insbes. über d. Wesen u. d. Mittel d. innern Anschauung; über d. Sündfluten; Wien; 1872
Die Anfänge der Unterrichtslehre und Volksschulkunde : mit einer vorangehenden psychologischen Propädeutik; Wien: Pichler; 1874
Himmelskunde oder mathematische Geographie; St. Gallen u. a.: Huber; 1842
Deutsches Literaturbuch; 2., unveränd. Aufl. St. Gallen u. a.: Huber; 1851
Über den Zweck und Gebrauch der Beispiel-Grammatik: nebst Andeutungen u. Beisp. über d. log. u. grammat.-stylist. Zergliederung d. Mustersätze; mit Bezugnahme auf das Uebungsbuch; St. Gallen u. a.: Huber; 1840
Deutsche Beispiel-Grammatik; 2., umgeänd. u. verb. Aufl. St. Gallen: Huber; 1851
Hilfsbuch zu dem ersten Sprach- und Lesebuche für die katholischen Volksschulen im Kaiserthum Österreich: für Lehrer und Präparanden; Wien: K. k. Schulbücher-Verl.; 1858